导读:本文包含了逆转录转座子论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:逆转录,座子,基因组,血吸虫,器官移植,核酸,日本。
逆转录转座子论文文献综述
朱绮霞,李一向,成春燕,胡文进,周礼芹[1]（2018）在《逆转录转座子LINE-1的活性调控及其在癌症中的作用》一文中研究指出逆转座子长散布核元件-1(LINE-1)是一种跳跃基因,约占人类基因组的17%。LINE-1采用"复制-粘贴"的方式,以RNA为媒介,在基因组中进行转座易位。一般地,细胞中LINE-1的转座活性受到严格调控。而在肿瘤细胞中,LINE-1异常活化,以逆转座依赖或非依赖的方式,影响基因组的稳定性:前者可以改变靶基因表达、引起染色质重排或协助其他转座子(如SINEs等)进行转座;后者为表观遗传的方式,通过产生内源的调节性RNAs、形成LINE-1嵌合性转录、形成新的剪切位点或启动位点来改变临近基因的表达等。本文主要介绍LINE-1的组成及其转座活性调控,并讨论LINE-1转座在肿瘤中的功能,以期为LINE-1的深入研究、肿瘤的形成机制及治疗探索提供一些参考。(本文来源于《广西科学》期刊2018年03期）
李宁,杨生保,杨涛,王柏柯,唐亚萍[2]（2016）在《辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列的克隆及分析》一文中研究指出【目的】从辣椒基因组中克隆Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列,分析其家族特性及进化关系。【方法】根据Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,通过PCR扩增、回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】克隆从辣椒基因组14条逆转录转座子逆转录酶序列,序列大小均为340 bp左右。生物信息学分析表明,序列长度变化范围为310~345 bp,同源性范围为60.2%~99.1%。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为终止密码子突变。聚类分析可将所得序列分为5大类,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第Ⅳ、Ⅴ类序列与荸荠、潘那利番茄等组成一大类,可能是逆转录转座子横向传递的结果。【结论】辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列具有普遍性、异质性等特点,与荸荠、潘那利番茄等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源。(本文来源于《新疆农业科学》期刊2016年12期）
梁伟姿[3]（2016）在《APOBEC3家族蛋白对逆转录转座子LINE-1和SVA的调控研究》一文中研究指出逆转录转座子LINE-1是一类可在基因组中自主移动的元件。人类基因组中有34%以上的序列来源于LINE-1的大量扩增。目前已被证实,LINE-1所编码的核酸内切酶可造成DNA双链断裂,引起基因组的不稳定。此外,LINE-1在基因组中的逆转座可导致疾病的发生。哺乳动物细胞已经进化出一系列的防御机制用以调控逆转录转座子在基因组中的转座并试图减弱该转座所引起的不利影响。人的胞嘧啶脱氨酶APOBEC3是细胞内逆转录转座子防御系统中一类新兴的家族蛋白,它已经被证实可以调控35%-99%的LINE-1逆转座活性。然而,除A3A蛋白之外,在其他APOBEC3家族蛋白调控LINE-1逆转座的过程中并未检测到G-A的超突变,这说明存在一种或多种脱氨酶非依赖型的抗LINE-1机制。本研究探讨了APOBEC3家族蛋白抑制机体逆转座的作用及其机制。研究表明:除A3G蛋白之外,A3家族蛋白均可以不同程度地调控LINE-1逆转座活性,但是该调控作用不单为A3蛋白与LINE-1 ORF1p之间的相互作用或共定位结果。借助成熟完善的LEAP实验,我们发现A3家族蛋白可以选择性地靶向LINE-1RNP进而实现对LINE-1 ORF2p逆转录酶活性的抑制。另外在研究中我们还发现,A3B、A3DE和A3H_HapII以CDD或RNA-binding pocket domain非依赖型的方式实现对LINE-1逆转座活性的调控。这说明APOBEC3家族蛋白抑制逆转录病毒HIV-1和逆转录转座子LINE-1的机制不同。本研究证实,所有的APOBEC3家族蛋白是非自主性逆转录转座子SVA的抑制因子。虽然A3G不具备抑制LINE-1逆转座活性的能力,但是对SVA逆转座活性具有抑制作用,说明A3家族蛋白对LINE-1和SVA采取了不同的调控机制。同时,我们还揭示了APOBEC3H不稳定单倍型具有抑制SVA逆转座活性的功能,该表明APOBEC3H基因在选择性进化历程中保留了对某些逆转座子调控的特性。综上,本研究系统地探究了APOBEC3家族蛋白对逆转录转座子LINE-1和SVA的调控作用,揭示了APOBEC3参与调控逆转录病毒HIV-1和逆转录转座子的不同机制,发现了APOBEC3H不稳定单倍型(Hap I、Hap III、HapIV和HapVI)具备抗SVA的功能。本研究对全面理解APOBEC3家族蛋白调控逆转录元件提供了实验依据,为探索APOBEC3作为广谱抗病毒因子的功能提供了新思路。(本文来源于《天津大学》期刊2016-12-01）
刘茜,王瑾晖,李晓宇,岑山[4]（2016）在《逆转录转座子LINE-1与肿瘤的发生和发展》一文中研究指出LINE-1是现今人体内存在的唯一具有自主转座活性的转座子,约有500 000个拷贝,占人类基因组总量的17%。LINE-1是通过转录和逆转录在内的转座过程产生新的DNA拷贝,并使新产生的DNA拷贝插入基因组的不同位置。LINE-1转座会影响基因组中其他基因的表达或调控,因而会对基因组的稳定性产生影响,从而导致基因疾病或肿瘤的发生。本文总结了近年来国际上对LINE-1转座与肿瘤的发生和发展之间关系的研究进展,为肿瘤的治疗和机制研究提供一些线索。(本文来源于《遗传》期刊2016年02期）
陈才,高波,钱跃,王霄燕,吴添文[5]（2015）在《猪基因组活性逆转录转座子挖掘》一文中研究指出引言猪是人类疾病研究的良好模型同时也是人异种器官移植的理想供体。然而,猪基因组中逆转录转座子如ERVs(endogenous retroviruses)的存在~([1]),使得猪作为人类器官供体存在安全风险。在哺乳动物基因组中逆转录转座子分布广泛,占基因组序列的40%~50%~([2,3])。基于此,本研究旨在挖掘猪全基因(本文来源于《中国猪业科技大会暨中国畜牧兽医学会2015年学术年会论文集》期刊2015-09-18）
蒋爽,蔡丹英,滕元文[6]（2014）在《梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析》一文中研究指出基于生物信息学方法对‘酥梨’基因组中不同类型的逆转录酶进行预测,共获得345条copia类和99条gypsy类逆转录酶。通过系统聚类,copia类逆转录酶可分为Ivana、Ale、TAR、Angela、Maximus和Bianca等6类;gypsy类逆转录酶可分为Athila、Tat、CRM、Reina和Tekay等5类。序列比对结果显示梨中逆转录酶具有较高的异质性,copia类逆转录酶序列分歧度为0.44,gypsy类为0.38。挑选出8类逆转录酶设计引物,并对梨属其它植物进行PCR扩增,结果显示这8类逆转录酶广泛存在于梨属植物中。在砂梨品种‘圆黄’的叶片、种子和果实中均发现该8类逆转录酶存在一定的转录水平,这是首次发现在梨属植物正常生长组织中逆转录酶发生转录。(本文来源于《园艺学报》期刊2014年11期）
胡斯奇,李健,许丰雯,梅珊,Yann,Le,Duff[7]（2014）在《SAMHD1通过诱导应急颗粒抑制逆转录转座子LINE-1转座》一文中研究指出SAMHD1蛋白(即包含SAM和HD结构域的Ⅰ型蛋白)于2000年首次在人树突细胞中发现,鼠γ干扰素诱导基因Mg11的类似物,并于2009年被认定是人体自身免疫疾病Aicardi-Goutierse综合症(AGS)相关蛋白。具有脱氧核糖核苷叁磷酸水解酶活性的SAMHD1可以降低细胞内的dNTP库的水平,由此来抑制逆转录病毒(HIV-1)以及DNA病毒(HSV-1)。转座子被认定是动物体内的一种类病毒元件(本文来源于《第九届全国免疫学学术大会论文集》期刊2014-10-18）
周鹏,仇宗浩,翟锐,梁东,徐凌飞[8]（2014）在《早酥梨及其红色芽变Ty1-copia反转录转座子逆转录酶的克隆与分析》一文中研究指出【目的】从早酥梨及其红色芽变基因组中克隆Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列,分析其特点和差异。【方法】根据Ty1-copia反转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,建立并优化PCR扩增体系,回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】成功从早酥梨基因组和红色芽变材料中分别获得29,30条逆转录酶序列,序列大小均为260bp左右。生物信息学分析表明,与早酥梨相比,红色芽变的逆转录酶序列多发生终止子突变、缺失突变、替换突变。聚类分析可将所得序列分为7个家族,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第7家族序列与苹果和李具有很高的同源性,可能是反转录转座子横向传递的结果。【结论】早酥梨及其红色芽变Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列具有普遍性、异质性等特点,虽均已不具备转录活性,但红色芽变的逆转录酶序列突变程度更高。(本文来源于《西北农林科技大学学报(自然科学版)》期刊2014年05期）
桓娇娇,张婷婷,程梦兰,董五辈[9]（2012）在《逆转录转座子蛋白基因在病原菌诱导植物差异表达基因中的初步研究》一文中研究指出植物逆转录转座子(retrotransposon)作为一类可移动的遗传因子在植物界广泛存在,因其转座需经过由RNA介导的反转录过程而得名,具有高度的异质性。已有的研究表明,许多逆转录转座子均可以被原生质体分离、组织培养、冷害、低能离子的辐照、水杨酸、真菌提取物、病毒、细菌接种等多种逆境所激活,并通过纵向和横向在物种内和物种间传递,对植物基因组的结构、功能和进化起着重要的作用。以自交系玉米掖478为材料,接种立枯丝核菌(AGI-IA),采用本实验室建立的一种新的筛选特异基因的方法R-PCR(限制性PCR或者反向PCR),筛选到了逆转录转座子蛋白基因片段,以筛选到的片段设计荧光定量引物,进行荧光定量验证:相对于未被立枯丝核菌感染的玉米,逆转录转座子蛋白基因表达量上调了数十倍。逆转录转座子蛋白基因在病原菌诱导植物的抗性反应中扮演的具体角色有待进一步研究。(本文来源于《中国植物病理学会2012年学术年会论文集》期刊2012-07-20）
郭俊杰[10]（2012）在《日本血吸虫逆转录转座子DNA诊断靶序列的筛选及其研究》一文中研究指出核酸检测具有与病原诊断同等的确诊价值，因此，核酸检测法用于血吸虫感染的诊断及疗效考核已成为近年来血吸虫病分子诊断技术的研究热点。靶序列的选择是决定核酸诊断方法敏感性及特异性的关键因素之一。本课题组前期获得的SjR2的230bp靶序列在日本血吸虫感染家兔及病人血清特异性DNA检测中显示了较好的敏感性和特异性。在此基础上，本研究通过对25个新发现的逆转录转座子DNA检测敏感性及特异性的研究，成功筛选到一段来自于逆转录转座子SjCHGCS19分子量为303bp的靶序列，探讨了日本血吸虫核酸检测靶序列的选择依据，进一步建立了303bp靶序列的nested-PCR检测法，显示了对日本血吸虫感染家兔模型的早期诊断和疗效考核价值，并评价了nested-PCR法应用于日本血吸虫病患者的诊断及疗效考核效果。同时本研究还初步建立了针对SjCHGCS19靶序列的LAMP法，并探讨了在血吸虫感染家兔血清DNA检测中的应用价值。全文共分五个部分：第一部分25个日本血吸虫逆转录转座子DNA诊断靶序列的筛选在本课题组前期研究中发现了来源于逆转录转座子SjR2分子量为230bp的靶序列，用于检测日本血吸虫感染宿主血清DNA，显示出高度的敏感性和特异性。本研究针对日本血吸虫基因组中新发现的25个逆转录转座子设计引物，应用普通PCR方法检测日本血吸虫、曼氏血吸虫、肝吸虫、肺吸虫及旋毛虫的DNA，评价不同靶序列检测血吸虫DNA的敏感性和特异性，以期寻找敏感、特异具有诊断价值的新靶序列，研究结果发现了来源于逆转录转座子SjCHGCS19（扩增区段为2049bp~2334bp）分子量为303bp的靶序列，用于检测日本血吸虫DNA显示出高度的敏感性（最高检测敏感性21.5fg/μL）。该靶序列与曼氏血吸虫具有交叉反应，而与肝吸虫、肺吸虫及旋毛虫均未出现交叉反应。第二部分25个日本血吸虫逆转录转座子DNA诊断靶序列的生物信息学分析本研究对SjR2及25个新的日本血吸虫逆转录转座子的基本生物信息学数据进行分析，探讨影响日本血吸虫DNA核酸检测敏感性及特异性的相关因素。采用SAS软件进行多重线性回归分析，发现日本血吸虫DNA的PCR检测敏感性与逆转录转座子的完整拷贝数及其ESTs活跃度呈密切相关，同时还受到逆转录转座子在整个血吸虫基因组中所占的比例等其它基本生物信息学特征的影响。进一步分析发现，已获得的2个具有高度检测敏感性和特异性的靶序列（230bp和303bp）分别来源于逆转录转座子SjR2和SjCHGCS19，二者在日本血吸虫基因组中均具有较高的完整拷贝数(分别是400，793)，更高的部分重复拷贝数(分别是23,755，17,373)及较高的ESTs活跃度(分别是79，39)，并且在系统进化树中同属于非长末端逆转录转座子的SR2家族。以上生物信息学分析结果表明，靶序列在基因组中的完整拷贝数及其ESTs活跃程度可能是决定日本血吸虫DNA检测敏感性的关键因素之一，而特异性则主要与靶序列和其它物种是否具有同源序列相关。第叁部分逆转录转座子SjCHGCS19的303bp靶序列用于日本血吸虫感染宿主早期诊断及疗效考核以逆转录转座子SjCHGCS19的303bp片段为靶序列，通过nested-PCR方法探讨其用于日本血吸虫DNA检测的敏感性和特异性，同时应用于日本血吸虫不同感染度宿主外周血清的DNA检测，进一步探索该靶序列在日本血吸虫病早期诊断及疗效考核中的应用价值。以nested-PCR外引物扩增产物构建的重组质粒DNA作为模板，评价303bp靶序列检测DNA的敏感性，结果显示最高的检测敏感性可达2.02个拷贝，比230bp靶序列的检测敏感性（10.2个拷贝）高5倍。应用303bp靶序列对日本血吸虫感染家兔模型的不同组织样本(包括日本血吸虫成虫、感染家兔的肝组织和外周血清)均可以检测到日本血吸虫特异的DNA片段，该靶序列与曼氏血吸虫有交叉反应，而与肝吸虫、肺吸虫及旋毛虫均未出现交叉反应。在中、低度感染宿主血清中均可扩增出阳性条带，特别是可以从感染后第3d的家兔血清中扩增出特异条带，并于治疗后第18w即转为阴性。研究结果表明应用303bp靶序列检测日本血吸虫感染宿主血清特异性DNA具有早期诊断及疗效考核价值。第四部分303bp靶序列在日本血吸虫病患者诊断及疗效考核中的应用在动物模型实验研究取得较好效果的基础上，应用nested-PCR法评价303bp靶序列用于日本血吸虫病慢性期病人(EPG阳性)血清DNA的检测效果，结果显示，43例慢性病人血清及51例健康人血清检测结果的敏感性为97.7%，特异性为96.1%，阳性预测值为97.7%，阴性预测值为96.1%。其阳性检出率随着病人感染度的降低而降低，特别是对低度感染病人的阳性检出率仍然可以达到96.9%。进一步对47例治疗后3、6、9个月日本血吸虫病人血清DNA检测的疗效考核价值进行评价，结果表明其阴转率分别为36.2%、89.4%和87.2%，随治疗时间延长呈明显上升趋势，特别是治疗后6个月已达89.4%，显示出较好的疗效考核价值。而常规免疫学检测方法IHA检测的治疗后3、6、9个月病人血清抗体的阴转率分别为23.4%、42.6%和31.9%，ELISA法检测治疗后3、6、9个月病人血清抗体的阴转率分别为19.1%、17.0%和25.5%。第五部分基于逆转录转座子SjCHGCS19的靶序列筛选及LAMP法建立在逆转录转座子SjCHGCS19的303bp靶序列所建立的nested-PCR检测法取得较好敏感性和特异性的研究基础上，本研究进一步探索了灵敏度高，方法简便、快速更适宜于疫区现场应用的LAMP法，分别选取了逆转录转座子SjCHGCS19的4个不同区段作为扩增靶序列，结果发现扩增区段位于211bp~441bp处的一段靶序列显示了较好的检测敏感性，达到了130fg/μL。并在日本血吸虫感染200条、100条及50条尾蚴家兔模型血清中检测出阳性结果，但是未能检测出感染30条尾蚴的家兔血清DNA，低于来源于SjCHGCS19的303bp靶序列（扩增区段为2049~2334bp）建立的nested-PCR法的检测敏感性(21.5fg/μL)，及本课题组已经建立的基于SjR2的230bp的LAMP检测方法(0.08fg/μL)。其特异性检测结果显示与曼氏血吸虫具有交叉反应、而与肝吸虫、肺吸虫和旋毛虫均未出现交叉反应。本研究结果表明靶序列的选择在决定LAMP检测法的敏感性中具有至关重要的作用。(本文来源于《苏州大学》期刊2012-03-01）
逆转录转座子论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【目的】从辣椒基因组中克隆Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列,分析其家族特性及进化关系。【方法】根据Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,通过PCR扩增、回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】克隆从辣椒基因组14条逆转录转座子逆转录酶序列,序列大小均为340 bp左右。生物信息学分析表明,序列长度变化范围为310~345 bp,同源性范围为60.2%~99.1%。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为终止密码子突变。聚类分析可将所得序列分为5大类,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第Ⅳ、Ⅴ类序列与荸荠、潘那利番茄等组成一大类,可能是逆转录转座子横向传递的结果。【结论】辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列具有普遍性、异质性等特点,与荸荠、潘那利番茄等物种的同类型逆转座子可能有相同的起源。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
逆转录转座子论文参考文献
[1].朱绮霞,李一向,成春燕,胡文进,周礼芹.逆转录转座子LINE-1的活性调控及其在癌症中的作用[J].广西科学.2018
[2].李宁,杨生保,杨涛,王柏柯,唐亚萍.辣椒Ty3-gypsy逆转录转座子逆转录酶序列的克隆及分析[J].新疆农业科学.2016
[3].梁伟姿.APOBEC3家族蛋白对逆转录转座子LINE-1和SVA的调控研究[D].天津大学.2016
[4].刘茜,王瑾晖,李晓宇,岑山.逆转录转座子LINE-1与肿瘤的发生和发展[J].遗传.2016
[5].陈才,高波,钱跃,王霄燕,吴添文.猪基因组活性逆转录转座子挖掘[C].中国猪业科技大会暨中国畜牧兽医学会2015年学术年会论文集.2015
[6].蒋爽,蔡丹英,滕元文.梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析[J].园艺学报.2014
[7].胡斯奇,李健,许丰雯,梅珊,Yann,Le,Duff.SAMHD1通过诱导应急颗粒抑制逆转录转座子LINE-1转座[C].第九届全国免疫学学术大会论文集.2014
[8].周鹏,仇宗浩,翟锐,梁东,徐凌飞.早酥梨及其红色芽变Ty1-copia反转录转座子逆转录酶的克隆与分析[J].西北农林科技大学学报(自然科学版).2014
[9].桓娇娇,张婷婷,程梦兰,董五辈.逆转录转座子蛋白基因在病原菌诱导植物差异表达基因中的初步研究[C].中国植物病理学会2012年学术年会论文集.2012
[10].郭俊杰.日本血吸虫逆转录转座子DNA诊断靶序列的筛选及其研究[D].苏州大学.2012
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