导读:本文包含了反转录转座子论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:转录,座子,序列,毛竹,基因,活性,糜子。
反转录转座子论文文献综述
吴敏芳,刘厚宇,文晓鹏[1]（2019）在《枇杷Ty1-copia类反转录转座子RT序列克隆及分析》一文中研究指出为探索枇杷Eriobotrya japonica基因组进化起源和多样性的关系,本文根据Tyl-copia类反转座子反转录酶(Reverse transcriptase,RT)的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,经过克隆、测序及序列分析,获得了59条来源于枇杷的RT序列。通过系统演化分析,所得核苷酸序列可分为4个群组,序列长度变化范围为241～282 bp,同源性范围为30.8%～100%;编码氨基酸中有17条序列出现终止密码子突变;经反转录转座子RT氨基酸序列比对,枇杷与苹果、李、梅等蔷薇科植物亲缘关系较近。因此,枇杷Ty1-copia类反转录转座子RT序列具有高度异质性,枇杷与蔷薇科物种间有共同起源,而且Ty1-copia类反转座子不仅可以纵向传递,还可在不同类群间横向传递。(本文来源于《中国南方果树》期刊2019年05期）
李茫茫[2]（2019）在《菊花反转录转座子鉴定及分子标记开发》一文中研究指出菊花(Chrysanthemum×morifolium Ramat)是菊科、菊属多年生草本植物,是中国十大传统名花之一,具有重要的观赏和经济价值。菊花在1600多年的栽培历史中产生了丰富的变异,呈现出千姿百态,菊花变异起源的问题一直是研究者普遍关注的一个重要命题。在一些研究中发现转座子转座可导致物种产生变异,但菊花中还未有相关报道。对菊花转座子进行深入研究,探明其起源与进化的历程,对了解菊花的进化过程及培育新品种材料都有重要的意义。由于菊花基因组比较大、变异性和结构都很复杂,目前对菊花基因组进行全面测序比较困难,没有可供利用的观赏型多倍体基因组序列,这限制了对菊花反转录转座子的深入研究。近年来,随着高通量测序技术快速发展,单分子实时测序技术(该技术能对较长片段进行测序,现已成为全长转录组测序的主要采用方法之一)得以广泛应用。本研究利用该方法对传统菊花品种‘金背大红’进行了全长转录组测序。本研究以测序分析结果为依据,通过信息学分析对全长转录本中的长末端重复反转录转座子(Long terminal repeat,LTR)和微型终端重复反转录转座子(Terminal-repeat retrotransposon,TRIM)进行分析与鉴定,并利用这些序列,建立相应的分子标记技术体系,并分别对103和24种不同菊花品种进行聚类分析,建立相应的分子标记图谱。主要结果如下:(1)通过对传统观赏菊花品种‘金背大红’进行短日照处理使其提前开花,取10个组织部位(根、茎、叶、叶柄、脚芽、侧芽、花蕾、花瓣、花蕊和花托)提取RNA进行全长转录组测序,Zero mode waveguide(ZMW)孔平均单分子比率为62.4%,产生有效数据18.3 Gb,937,088条Circular Consensus Sequence(CCS)序列,平均准确度0.8;经Subreads进行自我纠错后共得到902,490条CCS序列,其中372,712条为全长序列,占CCS总数的41.3%,365,766条为高质量非冗余(Full-length Non-chimeric,FLNC)序列,占CCS总数的40.5%。经过聚类去冗余得到用于后续分析的141,817条FLNC序列。以上数据说明全长转录组测序结果是相对可靠的,可用于构建高品质的菊花参考基因集,并将作为菊花未来生物学研究的宝贵资源。(2)利用在线软件LTR_FINDER(http://tlife.fudan.edu.cn/ltr_finder/)分析测序结果,分析发现:在一定的参数条件下,鉴定到LTR反转录转座子共有274个,分布在转录本5’UTR的有124个,3’UTR有24个,CDS区有126个;最高得分为8,最低得分为5,其中得到LTR相似值为1的有33个。所鉴定的反转录转座子大部分都含有PBS和PPT结构域,但这些反转录转座子在结构上基本都不完整。通过比对基因库,发现这些反转录转座子插入的基因有很多具有重要的功能,例如,RNA聚合酶Ⅱ转录起始因子,不同特异性的脱氢酶,α/β水解酶等。以分析后的反转录转座子的LTR序列设计16条引物,建立菊花的反转录转座子序列间扩增多态(Inter-retrotransposon amplified polymorphism,IRAP)和反转录转座子序列特异扩增多态性(Sequence-specific amplification ploymorphisms,S-SAP)分子标记体系,对103种菊花品进行了遗传多样性研究构建遗传图谱,将103种菊花品种被分为4个大类群。(3)利用在线软件LTR_FINDER(http://tlife.fudan.edu.cn/ltr_finder/)查找TRIM反转录转座子,共得到TRIM反转录转座子309个,其中LTR相似度为1的有56个。在克隆TRIM反转录转座子中发现部分TRIM反转录转座子具有拓扑异构酶结构。以TRIM反转录转座子的LTR区设计引物,建立IRAP和S-SAP分子标记体系,对24种菊花品种进行遗传多样性聚类分析。综上所述:本研究发现LTR反转录转座子274个,TRIM反转录转座子309个,建立IRAP和S-SAP分子标记分析,为菊花遗传育种及分类奠定基础。(本文来源于《河南大学》期刊2019-06-01）
王晓宇,王亚楠,李茫茫,李帅磊,丁红旭[3]（2019）在《菊花Ty1-copia类反转录转座子RT基因的分离与序列分析》一文中研究指出以菊花品种‘秋水长流’DNA为试材,利用简并引物对菊花品种‘秋水长流’的DNA进行PCR扩增,对条带进行回收、克隆、测序,并通过生物信息学方法对获得的序列进行了碱基序列分析、同源性分析及聚类分析,以期为进一步探索反转录转座子在菊花遗传多样性形成中的作用奠定基础。结果表明:得到了一条230bp左右的目的条带。28条来自菊花的Ty1-copia反转录转座子反转录酶序列长度变化范围为207～232bp,GC与AT比例为1.06～1.63,同源性范围为25.3%～99.1%。其核苷酸序列经过系统聚类分析后可分为4个家族。所有氨基酸序列出现2～13个不同程度的终止密码子突变。并且将核苷酸序列与NCBI中已登录的不同物种Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的核苷酸序列进行聚类分析。在菊花中得到4个家族的Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列在长度、碱基变化上的表现是不完全一致的,且序列同源性上存在多态性。系统进化树分析的结果表明,获得序列与其它植物中的Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列具有较高的同源性。菊花中的Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列间具有较高的异质性。(本文来源于《北方园艺》期刊2019年02期）
林悦龙,肖开转,连玲,何炜,陈丽萍[4]（2019）在《植物反转录转座子功能研究进展》一文中研究指出反转录转座子(retrotransposon),是一类以RNA为中介,在反转录酶的参与下,进行自我复制并整合到基因组其他位点中的转座元件(transposableelements,TEs).反转录转座子是许多真核生物基因组的主要组成部分,在高等植物如玉米、小麦等作物中含量丰富.这些反转座子的功能及生物学意义一直以来都存在争议,但越来越多研究表明,它们对于邻近基因的表达调控以及整个生物体基因组的进化有着深远的影响.本文主要从反转座子与非编码RNA的联系及其转座过程所产生的基因结构变异、反转座基因等方面,概述了植物中反转座子功能的相关研究进展.(本文来源于《科学通报》期刊2019年01期）
潘飞翔,汤定钦,周明兵[5]（2019）在《一个毛竹LTR反转录转座子结构鉴定及表达模式分析》一文中研究指出为了在毛竹中开发更多的活性LTR反转录转座子,文中分析和鉴定了一个毛竹LTR反转录转座子(Ph-LTR2),系统分析了该转座子在逆境下的表达模式。Ph-LTR2转座子全长6 030 bp,属于Ty3-Gypsy家族中的Reina亚家族。LTR序列同源性为96.41%,插入时间约为61.92万年,在基因组中有5个拷贝。Ph-LTR2转座子结构域包括GAG (种属特异抗原,gag protein)蛋白域、PR (蛋白酶,Proteases)蛋白域、RT (反转录酶,Reverse transcriptases)蛋白域、RH (RNA酶H,Ribonuclease H)蛋白域、INT (整合酶,Integrase)蛋白域和CHR (染色质组织修饰域,Chromatin organization modifier)蛋白域。通过实时定量PCR检测了INT、RT和RH的表达模式,确定INT、RT和RH在毛竹叶、笋、根存在组织表达特异性。在高温、低温、甲基化抑制剂、辐照与高盐等胁迫下,Ph-LTR2转座子INT、RT和RH的转录水平均不同程度地提高了,具体来讲,INT、RT和RH在高温、低温、甲基化抑制剂处理后转录水平上调;在低剂量辐照处理和低浓度盐溶液处理后转录水平也上调,但随剂量和浓度的增加表达水平又下降,这些结果表明Ph-LTR2转座子的表达模式响应外界环境的变化,但具体机制尚不清楚。本研究结果为开发基于Ph-LTR2转座子标签奠定了一定的理论基础。(本文来源于《生物工程学报》期刊2019年03期）
郭晓芳,贾举庆,张晓军,张春来,张美俊[6]（2018）在《裸燕麦Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的分离、鉴定与分析》一文中研究指出本研究根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从裸燕麦(Avena nuda L.)品种‘品燕1号’基因组中分离获得23条Ty1-copia类反转录转座子序列,并对序列特征、系统发育关系及其转录活性进行分析。结果显示,23条Ty1-copia类反转录转座子存在较高的异质性,序列间的一致性为45%～98%,存在插入、移码和终止密码突变,但频率不高;系统发育分析结果表明,燕麦Ty1-copia类反转录转座子在进化过程中主要为垂直传递。本研究通过检索燕麦基因表达数据库,发现了5个有转录活性的Ty1-copia类反转录转座子。(本文来源于《植物科学学报》期刊2018年05期）
闫希光,王召元,常瑞丰,刘国俭,陈湖[7]（2018）在《桃果肉近核色素copia-like反转录转座子序列分析及分子标记的建立（英文）》一文中研究指出通过对与桃果实近核色素紧密连锁的SRAP标记Me07Em02扩增得到的片段进行了验证、回收、测序和分析,并登录桃基因组Peach v1.0进行比对,获得部分copia-like反转录转座子的部分序列,应用DANMAN和DNASTAR序列分析软件辅助,在桃基因组数据库和GenBank中进行BLASTn比对获得了桃copia-like反转录转座子的全基因组序列,位于Peach v1.0基因组的Scaffold-1的9 939 764～9 944 771 bp位置,全长5 008 bp,其左右两边的长末端重复序列(LTR)完全一致,长度为444 bp,其最大开放阅读框(ORF)位于该序列的487～4 545bp,编码1 535个氨基酸,将该氨基酸序列提交到GenBank中进行Protein BLAST比对,结果显示该序列也具有典型的copia-like反转录转座子的氨基酸序列特征。同时初步建立了桃反转录转座子标记方法,并对桃的遗传多样性进行了分析。(本文来源于《Agricultural Science & Technology》期刊2018年05期）
张赞一,周明兵,汤定钦[8]（2018）在《毛竹LTR反转录转座子PHRE6的克隆与转录活性分析》一文中研究指出长末端重复序列(long terminal repeat,LTR)反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类可移动的DNA序列,因两端具有长末端重复序列而得名。大多数LTR反转录转座子能够感受外界环境的变化,具有转录激活特性和转座激活特性。该研究从毛竹(Phyllostachys edulis,Ph.edulis)基因组中克隆出一条完整的LTR反转录转座子,命名为PHRE6(Phyllostachys edulisretrotransposons 6),该转座子全长为5 620 bp,具有GAG和POL保守结构域。通过荧光定量PCR检测了PHRE6在DNA甲基化抑制剂和不同胁迫处理(包括辐照、高温、低温、高盐)的毛竹实生苗中转录水平的变化,结果表明,在DNA甲基化抑制剂处理后和高温(42°C)、低温(16°C、4°C)、高盐(100 mmol/L、200 mmol/L、300 mmol/L NaCl溶液)胁迫处理下PHRE6表达水平均有显着提高。以上结果说明,PHRE6是一个具有转录活性的反转录转座子,可能参与毛竹逆境响应过程。(本文来源于《中国细胞生物学学报》期刊2018年09期）
张素清[9]（2018）在《苹果Mdtcr6反转录转座子基因的序列分析研究》一文中研究指出通过同源搜索和多重比对进行基因结构解析和特征序列查询,结果表明:苹果Mdtcr6序列具有典型的Ty1-copia组反转录转座子的结构特征。调控元件查找表明,Mdtcr6反转录转座子的3′端LTR序列包含多种逆境响应元件和激素应答元件,既包括对水分胁迫调控、赤霉素响应反式、光诱导、光响应、早期水分胁迫响应因子、赤霉素、水杨酸等单一因素响应的顺式作用元件,也包括对激素和逆境胁迫应答的整合顺式作用元件。(本文来源于《辽宁林业科技》期刊2018年04期）
何杰丽,薛延桃,王瑞云,陈国荣,陈凌[10]（2018）在《糜子Ty 1-copia型反转录转座子基因的序列特征及表达分析》一文中研究指出[目的]发掘抗旱相关基因,明晰其编码蛋白的理化特征,为糜子育种提供基因元件。[方法]利用生物信息学软件、数据库和在线程序,对糜子Ty1-copia型反转录转座子编码蛋白进行生物信息学分析,同时对该基因进行qRTPCR表达特性分析。[结果]Ty1-copia基因编码蛋白分子式为C483H758N122O135S7,分子量为10 658.49Da,呈弱碱性,是不稳定的疏水蛋白;该蛋白为非分泌型蛋白、无跨膜结构,既不存在于叶绿体上也不存在于线粒体上;二级结构包括4个α螺旋,4个β折叠;叁级结构包括1个螺旋结构和2个折迭结构;含4个保守结构域;系统进化树和多重序列比对结果显示糜子保守性较低,与水稻类和毛竹的同源性为64%。实时定量PCR检测结果表明,Ty1-copia表达水平在干旱胁迫处理不同时间点存在显着差异,3h时表达量最高,为对照的2.02倍;8h时该基因呈下调表达,表达量低于对照。[结论]Ty1-copia基因可以由干旱胁迫诱导。(本文来源于《山西农业大学学报(自然科学版)》期刊2018年06期）
反转录转座子论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
菊花(Chrysanthemum×morifolium Ramat)是菊科、菊属多年生草本植物,是中国十大传统名花之一,具有重要的观赏和经济价值。菊花在1600多年的栽培历史中产生了丰富的变异,呈现出千姿百态,菊花变异起源的问题一直是研究者普遍关注的一个重要命题。在一些研究中发现转座子转座可导致物种产生变异,但菊花中还未有相关报道。对菊花转座子进行深入研究,探明其起源与进化的历程,对了解菊花的进化过程及培育新品种材料都有重要的意义。由于菊花基因组比较大、变异性和结构都很复杂,目前对菊花基因组进行全面测序比较困难,没有可供利用的观赏型多倍体基因组序列,这限制了对菊花反转录转座子的深入研究。近年来,随着高通量测序技术快速发展,单分子实时测序技术(该技术能对较长片段进行测序,现已成为全长转录组测序的主要采用方法之一)得以广泛应用。本研究利用该方法对传统菊花品种‘金背大红’进行了全长转录组测序。本研究以测序分析结果为依据,通过信息学分析对全长转录本中的长末端重复反转录转座子(Long terminal repeat,LTR)和微型终端重复反转录转座子(Terminal-repeat retrotransposon,TRIM)进行分析与鉴定,并利用这些序列,建立相应的分子标记技术体系,并分别对103和24种不同菊花品种进行聚类分析,建立相应的分子标记图谱。主要结果如下:(1)通过对传统观赏菊花品种‘金背大红’进行短日照处理使其提前开花,取10个组织部位(根、茎、叶、叶柄、脚芽、侧芽、花蕾、花瓣、花蕊和花托)提取RNA进行全长转录组测序,Zero mode waveguide(ZMW)孔平均单分子比率为62.4%,产生有效数据18.3 Gb,937,088条Circular Consensus Sequence(CCS)序列,平均准确度0.8;经Subreads进行自我纠错后共得到902,490条CCS序列,其中372,712条为全长序列,占CCS总数的41.3%,365,766条为高质量非冗余(Full-length Non-chimeric,FLNC)序列,占CCS总数的40.5%。经过聚类去冗余得到用于后续分析的141,817条FLNC序列。以上数据说明全长转录组测序结果是相对可靠的,可用于构建高品质的菊花参考基因集,并将作为菊花未来生物学研究的宝贵资源。(2)利用在线软件LTR_FINDER(http://tlife.fudan.edu.cn/ltr_finder/)分析测序结果,分析发现:在一定的参数条件下,鉴定到LTR反转录转座子共有274个,分布在转录本5’UTR的有124个,3’UTR有24个,CDS区有126个;最高得分为8,最低得分为5,其中得到LTR相似值为1的有33个。所鉴定的反转录转座子大部分都含有PBS和PPT结构域,但这些反转录转座子在结构上基本都不完整。通过比对基因库,发现这些反转录转座子插入的基因有很多具有重要的功能,例如,RNA聚合酶Ⅱ转录起始因子,不同特异性的脱氢酶,α/β水解酶等。以分析后的反转录转座子的LTR序列设计16条引物,建立菊花的反转录转座子序列间扩增多态(Inter-retrotransposon amplified polymorphism,IRAP)和反转录转座子序列特异扩增多态性(Sequence-specific amplification ploymorphisms,S-SAP)分子标记体系,对103种菊花品进行了遗传多样性研究构建遗传图谱,将103种菊花品种被分为4个大类群。(3)利用在线软件LTR_FINDER(http://tlife.fudan.edu.cn/ltr_finder/)查找TRIM反转录转座子,共得到TRIM反转录转座子309个,其中LTR相似度为1的有56个。在克隆TRIM反转录转座子中发现部分TRIM反转录转座子具有拓扑异构酶结构。以TRIM反转录转座子的LTR区设计引物,建立IRAP和S-SAP分子标记体系,对24种菊花品种进行遗传多样性聚类分析。综上所述:本研究发现LTR反转录转座子274个,TRIM反转录转座子309个,建立IRAP和S-SAP分子标记分析,为菊花遗传育种及分类奠定基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
反转录转座子论文参考文献
[1].吴敏芳,刘厚宇,文晓鹏.枇杷Ty1-copia类反转录转座子RT序列克隆及分析[J].中国南方果树.2019
[2].李茫茫.菊花反转录转座子鉴定及分子标记开发[D].河南大学.2019
[3].王晓宇,王亚楠,李茫茫,李帅磊,丁红旭.菊花Ty1-copia类反转录转座子RT基因的分离与序列分析[J].北方园艺.2019
[4].林悦龙,肖开转,连玲,何炜,陈丽萍.植物反转录转座子功能研究进展[J].科学通报.2019
[5].潘飞翔,汤定钦,周明兵.一个毛竹LTR反转录转座子结构鉴定及表达模式分析[J].生物工程学报.2019
[6].郭晓芳,贾举庆,张晓军,张春来,张美俊.裸燕麦Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的分离、鉴定与分析[J].植物科学学报.2018
[7].闫希光,王召元,常瑞丰,刘国俭,陈湖.桃果肉近核色素copia-like反转录转座子序列分析及分子标记的建立（英文）[J].AgriculturalScience&Technology.2018
[8].张赞一,周明兵,汤定钦.毛竹LTR反转录转座子PHRE6的克隆与转录活性分析[J].中国细胞生物学学报.2018
[9].张素清.苹果Mdtcr6反转录转座子基因的序列分析研究[J].辽宁林业科技.2018
[10].何杰丽,薛延桃,王瑞云,陈国荣,陈凌.糜子Ty1-copia型反转录转座子基因的序列特征及表达分析[J].山西农业大学学报(自然科学版).2018
论文知识图
![反转录转座子的类别[45]](http://image.cnki.net/GetImage.ashx?id=1019885673.nh0004&suffix=.jpg)
