巴氏蘑菇子实体不同发育阶段的转录组分析

巴氏蘑菇子实体不同发育阶段的转录组分析

论文摘要

为探讨巴氏蘑菇子实体不同发育阶段基因的表达情况,本研究对巴氏蘑菇子实体不同发育时期(原基、采收期和开伞期)进行转录组测序,以本实验室已获得的巴氏蘑菇JA菌株的不育单孢菌株JA-15036基因组为参考基因组研究原基与采收期及开伞期样本间差异表达基因,并对差异表达基因进行了GO功能和Pathway富集分析。GO功能分析结果显示,差异表达基因主要富集在跨膜转运、碳水化合物代谢途径和膜组分,它们协同调控为子实体生长发育提供稳定的内环境。KEGG富集分析结果表明,原基期上调的差异表达基因主要富集在核糖体蛋白和DNA复制,表明原基期细胞代谢旺盛,其中核糖体蛋白基因上调为后期蛋白质合成提供重要场所;采收期和开伞期子实体时期差异表达基因主要富集在碳水化合物代谢、脂肪酸降解和氨基酸代谢等途径,为巴氏蘑菇子实体的生长发育与成熟提供营养与能量。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 菌株
  •   1.2 参考基因组
  •   1.3 样品制备及RNA提取
  •   1.4 转录组数据与参考基因组的比对
  •   1.5 基因表达分析及差异表达基因的筛选
  •   1.6 差异表达基因的GO和Pathway功能富集分析
  •   1.7 荧光定量PCR(qRT-PCR)验证
  • 2 结果与分析
  •   2.1 测序数据质量评估和数据上传
  •   2.2 基因表达分析
  •   2.3 巴氏蘑菇子实体3个不同发育时期差异表达基因的筛选与分析
  •   2.4 差异表达基因GO功能富集分析
  •   2.5 Pathway富集分析
  •   2.6 荧光定量PCR(qRT-PCR)验证转录组测序表达模式
  • 3 讨论
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 卢园萍,郭仲杰,蔡志欣,陈美元,廖剑华

    关键词: 巴氏蘑菇,生长发育,子实体,转录组

    来源: 菌物学报 2019年12期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,农业科技

    专业: 园艺

    单位: 福建省农业科学院食用菌研究所特色食用菌繁育与栽培国家地方联合工程研究中心

    基金: 公益性行业(农业)科研专项课题(201503137),福建省属公益类科研院所基本科研专项(2017R1020-1),福建省种业创新与产业化工程项目(fjzycxny2017009),福建省农业科学院科技创新团队(STIT2017-1-6)~~

    分类号: S646

    DOI: 10.13346/j.mycosystema.190267

    页码: 2161-2173

    总页数: 13

    文件大小: 2497K

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