信息通路论文_余东虎,黄静宇,沈小艳,汪育锦,李胜

导读:本文包含了信息通路论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:信息学,生物,基因,数据库,肿瘤,基因芯片,差异。

信息通路论文文献综述

余东虎,黄静宇,沈小艳,汪育锦,李胜^[1]（2019）在《生物信息学分析筛选肺腺癌关键基因及通路》一文中研究指出目的利用生物信息学分析方法对基因芯片数据进行分析,筛选出肺腺癌相关靶基因并进行验证。方法从美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载编号为GSE10072的基因芯片,得到49例正常肺组织样本和58例肺腺癌组织样本,应用R软件读取原始数据并进行预处理,分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),接着对这些DEGs进行聚类分析和功能富集分析,构建蛋白质互作网络,进一步从网络中筛选出核心基因,最后从转录水平和预后来验证分析结果。结果肺腺癌组织和正常肺组织DEGs共888个,其中上调基因有317个,下调基因有571个。根据功能富集分析,细胞粘附、药物反应以及细胞外基质的组成是其较突出的生物学功能,细胞外基质受体相互作用通路以及补体和凝血级联反应通路是其突出的信号通路。得到8个核心基因进一步验证发现,GAPDH,TOP2A,BIRC5和CCNB1 4个基因的表达量与肺腺癌患者的预后相关。结论筛选出的核心基因可能在肺腺癌发展中具有重要作用,并有可能成为肺腺癌的治疗靶点和诊断靶标。(本文来源于《转化医学杂志》期刊2019年06期）

宫伟,李涛^[2]（2019）在《利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因》一文中研究指出目的利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,筛选出鼻咽癌转移相关的核心基因和相关信号通路,为寻找鼻咽癌转移早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据。方法 GSE103611的表达芯片从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载,该数据库中包含48个样本,包括24个原发鼻咽癌样本和24个放疗后转移的鼻咽癌样本。整理微阵列数据集获得差异表达基因(DEGs)与本课题组前期构建的相对于CNE-2侵袭转移能力更强的CNE-2SI细胞对比芯片差异基因进行比对获得共同差异基因。利用基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组数据库(KEGG)对共同差异基因进行富集并利用DAVIDE在线进行分析。共同差异基因的蛋白质互作(PPI)网络由STRING数据库构建。Hub基因分析通过Cytoscape软件中的cytoHubba插件制作。关键基因的生存分析通过Kaplan Meier-plotter数据库分析获得。结果 GSE103611数据集中共鉴定出差异基因共3301个,其中上调506个,2795个基因被下调。本课题组的芯片中差异基因共2691个,其中上调1349个,1342个基因被下调。两个芯片共同上调基因47个,下调基因135个,共计182个。GO分析表明共同差异基因的生物学功能主要集中在基本的生物学过程和细胞黏附;主要的细胞成分包括细胞膜和细胞质;分子功能包括ATP结合等(P <0.05)。KEGG通路分析显示这些共同差异基因主要参与脂类代谢、MAPK信号通路和细胞黏附信号通路(P<0.05)。CytoHubba插件分析从PPI网络中找到前20个具有高度关联性的核心基因。生存分析发现CXCL10、CUL7、PLCB2可能与在鼻咽癌不良预后相关(P <0.05)。结论利用生物信息学分析筛查鼻咽癌转移相关DEGs和通路可以帮助了解鼻咽癌转移发生的分子机制,对鼻咽癌转移的早期诊断具有临床意义。(本文来源于《中国医药生物技术》期刊2019年06期）

崔华,李立,吕爱平,耿耘,何小鹃^[3]（2019）在《尪痹胶囊免疫相关通路及作用靶点的生物信息学分析》一文中研究指出目的运用生物信息学方法分析尪痹胶囊免疫相关通路及作用靶点,为尪痹胶囊的作用及机制研究提供思路和依据。方法在台湾中医药资料库中检索尪痹胶囊各组分中药含有的化学成分,在Pubchem中检索与这些化学成分相互作用的靶蛋白,将靶蛋白上传至生物信息分析软件IPA,经数据分析,得到靶蛋白免疫相关的生物学通路及作用靶点,对这些信息进行生物学解析。结果检索到尪痹胶囊的靶蛋白共232个,构建靶点网络,并分析尪痹胶囊作用的免疫相关通路,其中与细胞免疫相关的前五个通路为巨噬细胞移动抑制因子调控的固有免疫通路,活化和未活化的T淋巴细胞IL-2表达调节通路,淋巴细胞CD27信号转导通路,OX40信号通路,T淋巴细胞4-1BB信号转导通路。结论尪痹胶囊可以通过作用于JUN、NF-κB、NF-κBIA、RelA分子对免疫相关通路起到调节作用。(本文来源于《现代中药研究与实践》期刊2019年05期）

何忠开,郑玉菡,姚峰,郑重洲,陈灿^[4]（2019）在《白藜芦醇通过沉默信息调节因子1/核因子κB通路改善大鼠急性心肌梗死后炎症反应的研究》一文中研究指出目的探讨白藜芦醇(RES)是否通过沉默信息调节因子1/核因子κB(SIRT-1/NF-κB)通路改善大鼠急性心肌梗死(AMI)后炎症反应。方法 30只成年SD大鼠随机分成3组:假手术组(Sham组)、AMI组和RES组;观察4周后,采用qRT-PCR和Western blot检测心脏梗死交界区组织白细胞介素(IL)-1β、IL-6及SIRT-1的mRNA含量及蛋白质表达情况。Western blot检测心脏梗死交界区组织IKK、p-IKK、p65及p-p65蛋白质表达情况。结果与Sham组相比,AMI组的IL-1β、IL-6在mRNA及蛋白水平表达显着升高(均为P<0.01),p-IKK/IKK和p-p65/p65比值明显升高(均为P<0.001),SIRT-1在mRNA及蛋白水平表达显着降低(均为P<0.001); RES组IL-1β、IL-6在mRNA及蛋白水平表达显着降低(均为P<0.01),p-IKK/IKK和p-p65/p65比值均显着减低(均为P<0.01),SIRT-1 mRNA及蛋白表达水平显着升高(均为P<0.001)。结论 RES可通过SIRT-1/NF-κB通路改善大鼠AMI后炎症反应,其作用机制可能与RES激动SIRT-1表达、抑制IKK及p-65磷酸化、阻止NF-κB信号通路的启动有关。(本文来源于《中国心血管杂志》期刊2019年05期）

张从红,冯华君,周春玲,王丁婷,赵飞鹏^[5]（2019）在《基于生物信息学方法鉴定头颈部鳞状细胞癌的关键基因及信号通路》一文中研究指出目的采用生物信息学方法筛选头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)的关键基因及信号通路,挖掘HNSCC早期诊治及预后分析的潜在分子标志物。方法从GEO数据库中下载5组HNSCC相关表达谱芯片数据,利用R语言中的软件包筛选在HNSCC与癌旁正常组织中呈现差异性表达的基因,对差异基因进行系统的生物信息学分析。结果本研究共鉴定了215个差异基因;其中上调基因共计79个,主要在40个GO条目(P<0.01)与14条信号通路(P<0.05)上富集;下调基因共计136个,主要在18个GO条目(P<0.01)与6条信号通路(P<0.05)上富集。基于PPI网络定义了16个hub基因,其中7个hub基因在HNSCC中表达上调且与HNSCC患者总体生存率相关(P<0.05),这些基因高度富集在3条肿瘤相关信号通路(P<0.01)。结论本研究鉴定了7个HNSCC的关键基因,分别为PLAUR、ITGA5、LAMB3、LAMC2、SERPINE1、ITGA6、ITGA3,它们主要在3条与肿瘤发生、发展相关的信号通路中发挥作用,是HNSCC早期诊治及预后分析的的潜在分子标志物。(本文来源于《中国中西医结合耳鼻咽喉科杂志》期刊2019年05期）

刘萌,段琪琪,王敏,张梦迪,肖生祥^[6]（2019）在《基于生物信息学分析探究银屑病关键基因和通路》一文中研究指出目的通过生物信息学方法,寻找在银屑病中差异表达的基因,明确其功能,探讨银屑病的发病机制。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载GSE6710数据集,以P<0.05及表达变化大于1.5倍筛选差异基因。结果共筛选出275个差异基因,其中160个上调基因,115个下调基因。对差异基因进行GO和KEGG富集分析,GO分析显示上调基因主要富集的生物过程为免疫应答、趋化作用、有丝分裂和炎症反应;下调基因主要富集的生物过程为糖代谢过程、药物反应、分泌调节和急性炎症反应。KEGG分析显示差异基因主要富集的信号通路包括:趋化因子信号通路、细胞因子-细胞因子受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、PPAR信号通路。PPI网络分析得到的10个枢纽基因为:IL-8、CCNB1、CDC20、IFIT1、GBP1、DDX58、ISG15、MX1、OAS2、IRF7。结论 IL-8、CCNB1、CDC20、IFIT1等基因可能参与银屑病的发病机制。(本文来源于《中国皮肤性病学杂志》期刊2019年11期）

黄河海,陈传影,邢秀梅,肖勇梅^[7]（2019）在《铅暴露靶器官及其毒性通路研究：基于生物信息学分析方法》一文中研究指出目的运用生物信息学分析方法,挖掘铅污染物潜在的生物学信息,预测铅暴露靶器官及其毒性通路。材料和方法首先从比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)中以"lead"为主题词,下载与铅暴露相关文献,然后对文献进行筛选整理并提取目的基因进行铅暴露与基因相互作用、基因与基因间相互作用以及铅暴露靶器官分析,最后采用IPA(Ingenuity Pathway Analysis)分析铅暴露毒性通路及其对细胞分子功能的影响。结果通过CTD数据库共下载文献616篇,然后筛选了173篇并从中提取385个与铅具有相互作用的基因。其中,出现频次最高的前五基因分别为CYP1A1、MT1、MT2、ALAD和PTGS2;基因相互作用网络图显示APP拥有相关联基因最多,处于中心地位;其次是EGFR和TP53.CTD数据库预测大脑为铅暴露最主要靶器官,其次为肾、肝脏和血管。利用IPA软件对铅暴露的靶器官相关联基因进行毒性通路和细胞分子功能分析预测,结果显示,作用于脑的首要通路为Neuroinflammation Signaling Pathway;肾为:Type Ⅰ Diabetes Mellitus Signaling;肝为:Aryl Hydrocarbon Receptor Signaling;血管为:Apelin Adipocyte Signaling Pathway;铅暴露对细胞分子功能影响主要表现为对细胞的增长生存、运动转移、代谢、细胞间链接等功能的影响。结论铅暴露靶器官主要为脑,其次为肾、肝和血管;其主要通过改变分子的代谢,激发氧化应激等途径,诱导相关靶器官毒性通路的活化,从而引起机体出现如神经系统病变等不良结局。(本文来源于《中国毒理学会第九次全国毒理学大会论文集》期刊2019-09-17）

吴茜,宋兴勃,钟慧钰,温阳,应斌武^[8]（2019）在《基于生物信息学分析参与结核病的关键基因和通路》一文中研究指出目的探索结核病的发病机制,为结核病的早期诊断和治疗评估提供新思路。方法从基因表达数据库中获取GSE54992基因表达谱,使用美国国立生物技术信息中心在线实验室筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),并使用基因本体论分析、代谢通路分析(pathway分析)、基因信号网络分析、共表达分析的方法对所获得基因进行分析。结果与健康对照相比,在结核病患者中筛选出共3 492个DEG。其中,1 686个基因上调,1 806个基因下调;DEG主要涉及小分子代谢过程、信号转导、免疫反应、炎症反应、先天免疫反应等方面,pathway分析发现主要通路涉及趋化因子信号通路、肺结核、核因子kappa-B信号通路、细胞因子受体相互作用等方面;基因信号网络分析发现核心基因为AKT3、PLCB1、MAPK8、NFKB1;共表达网络分析推测核心基因为PYCARD、TNFSF13、PHPT1、COMT、GSTK1。结论 AKT3、PYCARD、IRG1、CD36等基因及其相关的生物过程可能是结核发生发展过程中的重要参与者,生物信息学有助于全面深入研究疾病发生机制,筛选可能的核心靶点,为临床诊断及治疗结核提供参考。(本文来源于《华西医学》期刊2019年09期）

关树峰^[9]（2019）在《生物信息分析胶质瘤相关mRNA表达及信号通路》一文中研究指出目的探讨人脑胶质瘤差异表达基因及其功能和信号通路。方法在基因表达数据库(GEO)中筛选人脑胶质瘤差异表达基因芯片数据。采用在线分析软件GEO2R根据表达倍数(log2FC=1, P <0.05)筛选在胶质瘤细胞与人脑组织中差异表达的基因(mRNA)。对筛选的基因进行功能富集(包括细胞成分、分子功能、生物学过程)和信号通路分析。应用在线分析数据库(STRING)绘制差异表达基因的蛋白相互作用网络图,并采用Cytohubba软件筛选信号通路关键基因(hub基因)。结果在GEO数据库中我们选取了GSE50021数据集为研究对象,根据差异表达筛选条件,筛选出了10个差异表达基因(TMX1, CCDC50, SETD5, HEY1, ANTXR1,PHLDA1,GRM1, HTR2A, GRM7和GRM2基因)。其中上调表达9个下调表达1个。10个差异表达基因主要富集于Notch信号通路的调控,RNA聚合酶Ⅱ对转录的正调控及癌症相关通路。其细胞定位主要为细胞核及细胞内细胞器。STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,整个蛋白相互作用网络共28个节点,159个相互作用链接,平均节点连接度为14.1,平均聚集指数为0.68。Cytohubba筛选蛋白相互作用网络中的关键基因,显示HEY1基因在整个胶质瘤相互作用蛋白网络中发挥重要作用。结论 TMX1, CCDC50, SETD5, HEY1, ANTXR1和PHLDA1基因在胶质瘤中表达上调,其主要参与Notch信号通路的调控和癌症的发生,HEY1为整个胶质瘤信号通路中的关键基因,可能在胶质瘤的发生发展中发挥重要作用。(本文来源于《中国处方药》期刊2019年08期）

卞文^[10]（2019）在《架设信息“通路” 打通群众“心路”——西藏网络扶贫工作健康协调发展》一文中研究指出"感谢这个网络扶贫活动,双语手机让我们和亲戚朋友的联系更加方便、更加实惠了,每天都能联系了!"西藏自治区日喀则市定日县加措乡比布村村民格桑的幸福洋溢在脸上。而这,正是西藏农牧民群众对网络扶贫汉藏双语手机捐赠活动发自内心点赞的一个缩影。(本文来源于《网络传播》期刊2019年08期）

信息通路论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

目的利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,筛选出鼻咽癌转移相关的核心基因和相关信号通路,为寻找鼻咽癌转移早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据。方法 GSE103611的表达芯片从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载,该数据库中包含48个样本,包括24个原发鼻咽癌样本和24个放疗后转移的鼻咽癌样本。整理微阵列数据集获得差异表达基因(DEGs)与本课题组前期构建的相对于CNE-2侵袭转移能力更强的CNE-2SI细胞对比芯片差异基因进行比对获得共同差异基因。利用基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组数据库(KEGG)对共同差异基因进行富集并利用DAVIDE在线进行分析。共同差异基因的蛋白质互作(PPI)网络由STRING数据库构建。Hub基因分析通过Cytoscape软件中的cytoHubba插件制作。关键基因的生存分析通过Kaplan Meier-plotter数据库分析获得。结果 GSE103611数据集中共鉴定出差异基因共3301个,其中上调506个,2795个基因被下调。本课题组的芯片中差异基因共2691个,其中上调1349个,1342个基因被下调。两个芯片共同上调基因47个,下调基因135个,共计182个。GO分析表明共同差异基因的生物学功能主要集中在基本的生物学过程和细胞黏附;主要的细胞成分包括细胞膜和细胞质;分子功能包括ATP结合等(P <0.05)。KEGG通路分析显示这些共同差异基因主要参与脂类代谢、MAPK信号通路和细胞黏附信号通路(P<0.05)。CytoHubba插件分析从PPI网络中找到前20个具有高度关联性的核心基因。生存分析发现CXCL10、CUL7、PLCB2可能与在鼻咽癌不良预后相关(P <0.05)。结论利用生物信息学分析筛查鼻咽癌转移相关DEGs和通路可以帮助了解鼻咽癌转移发生的分子机制,对鼻咽癌转移的早期诊断具有临床意义。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

信息通路论文参考文献

[1].余东虎,黄静宇,沈小艳,汪育锦,李胜.生物信息学分析筛选肺腺癌关键基因及通路[J].转化医学杂志.2019

[2].宫伟,李涛.利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因[J].中国医药生物技术.2019

[3].崔华,李立,吕爱平,耿耘,何小鹃.尪痹胶囊免疫相关通路及作用靶点的生物信息学分析[J].现代中药研究与实践.2019

[4].何忠开,郑玉菡,姚峰,郑重洲,陈灿.白藜芦醇通过沉默信息调节因子1/核因子κB通路改善大鼠急性心肌梗死后炎症反应的研究[J].中国心血管杂志.2019

[5].张从红,冯华君,周春玲,王丁婷,赵飞鹏.基于生物信息学方法鉴定头颈部鳞状细胞癌的关键基因及信号通路[J].中国中西医结合耳鼻咽喉科杂志.2019

[6].刘萌,段琪琪,王敏,张梦迪,肖生祥.基于生物信息学分析探究银屑病关键基因和通路[J].中国皮肤性病学杂志.2019

[7].黄河海,陈传影,邢秀梅,肖勇梅.铅暴露靶器官及其毒性通路研究：基于生物信息学分析方法[C].中国毒理学会第九次全国毒理学大会论文集.2019

[8].吴茜,宋兴勃,钟慧钰,温阳,应斌武.基于生物信息学分析参与结核病的关键基因和通路[J].华西医学.2019

[9].关树峰.生物信息分析胶质瘤相关mRNA表达及信号通路[J].中国处方药.2019

[10].卞文.架设信息“通路”打通群众“心路”——西藏网络扶贫工作健康协调发展[J].网络传播.2019

论文知识图

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