玫烟色棒束孢基因组候选效应因子的预测分析

论文摘要

在玫烟色棒束孢（Isaria fumosorosea）全基因组10 061个蛋白质序列的基础上,经过SignalP v4.1分析得到1 112个具有信号肽的蛋白序列;以此为基础用TMHMM v2.0分析得到1 030个跨膜数小于2的蛋白序列;1 030个具有信号肽的蛋白经过TargetP v 1.1分析得到1 001个定位为S的蛋白序列;最后经过ProtComp v 9.0分析,得到929个蛋白质定位于细胞质中的分泌蛋白序列。929个蛋白中包含半胱氨酸含量大于等于6的蛋白序列共495个,其中146个蛋白序列的串联重复序列大于或等于9。共137个蛋白在病原物-寄主互作数据库（Pathogen-hostinteraction database,PHI）中获得注释,其中91个蛋白为候选效应蛋白。挑取小于300个氨基酸的蛋白序列,共筛选到19个候选效应因子。最终从10 061个蛋白序列中筛选得到19个候选致病效应因子。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 董章勇,舒永馨,陈欣瑜,罗梅

关键词: 玫烟色棒束孢,效应因子,全基因组,分析

来源: 西北农业学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 农业基础科学,植物保护

单位: 仲恺农业工程学院农业与生物学院

基金: 广东省应用型科技研发专项(2016B020234005),广东大学生科技创新培育专项(pdjh2017b0253),广东省大学生创新创业训练计划(201711347177)~~

分类号: S476.12

页码: 2078-2083

总页数: 6

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标签：玫烟色棒束孢论文;  效应因子论文;  全基因组论文;  分析论文;