宏基因组文库论文_王健,黄芳,王芃,李山虎

导读:本文包含了宏基因组文库论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:文库,宏基,基因组,细胞,糖苷酶,铜绿,叶黄素。

宏基因组文库论文文献综述

王健,黄芳,王芃,李山虎^[1]（2019）在《利用CRISPR-Cas9全基因组文库筛选奥西替尼耐药基因FDX1》一文中研究指出目的利用非小细胞肺癌细胞研究对奥西替尼潜在耐药基因。方法首先利用CRISPR-Cas9全基因组文库在人非小细胞肺癌细胞NCI-H1975中筛选出奥西替尼潜在耐药铁氧还蛋白1(FDX1)基因,建立敲除FDX1和对照AAVS1表达的sg-FDX1及sg-AAVS1稳定细胞系。提取sg-FDX1细胞基因组并且PCR扩增出sgRNA序列两侧的DNA序列,连接到T载体后进行测序;Western-blot检测sg-FDX1和sg-AAVS1细胞中FDX1蛋白表达水平;将构建的sgFDX1和sg-AAVS1细胞分别用不同浓度奥西替尼培养30 h后,Western印迹法检测细胞中c-PARP蛋白表达水平以及EGFR和ERK磷酸化水平。采用平板克隆和CCK8实验检测肿瘤细胞的存活率。结果测序结果表明,sg-FDX1细胞中的FDX1基因发生缺失,同时FDX1蛋白表达水平被有效抑制;和sg-AAVS1细胞相比,50 nmol·L-1奥西替尼处理后的sg-FDX1细胞中c-PARP表达水平显着降低(P<0.01);奥西替尼在sg-FDX1细胞中对p-EGFR和p-ERK蛋白表达抑制作用相对于sg-AAVS1细胞显着降低(P<0.01)。克隆形成和CCK8实验表明,相对于sg-AAVS1细胞,奥西替尼对sg-FDX1细胞的克隆形成率和增殖抑制作用显着降低(P<0.05)。结论 NCI-H1975细胞敲除FDX1,减弱了奥西替尼对细胞凋亡的诱导功能,可能是FDX1参与NCI-H1975细胞对奥西替尼耐药机制之一。(本文来源于《中国生物化学与分子生物学会2019年全国学术会议暨学会成立四十周年论文集》期刊2019-10-24）

杨雁霞,范琴,杨云娟,唐湘华,慕跃林^[2]（2019）在《胃肠道微生物宏基因组文库耐盐菌株的筛选、测序及潜在耐盐基因分析》一文中研究指出【背景】研究证实胃肠道微生物蕴含着丰富的耐盐基因,并可通过宏基因组学技术进行挖掘。【目的】对倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库耐盐菌株筛选、测序并分析其潜在耐盐基因。【方法】通过7%NaCl从已构建的倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库中筛选耐盐菌株,利用Illumina Solexa Genome Analyzer高通量测(本文来源于《第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集》期刊2019-08-08）

潘冰心^[3]（2019）在《利用CRISPR/Cas9全基因组文库筛选HCT 116细胞增殖和辐射相关基因》一文中研究指出目的:基因编辑技术的不断发展为基因功能和基因治疗等研究提供了强大的技术支持。CRISPR/Cas9作为新兴的基因编辑技术,具有更高效的编辑能力。2013年张锋课题组首次使用CRISPR/Cas9技术在哺乳动物细胞中进行基因改造,利用sgRNA文库实现对多个基因的敲除,极大的提高了基因编辑效率,同时降低了脱靶效应。目前大规模CRISPR/Cas9文库筛选被应用到多个领域,可进行筛选药靶基因、耐药基因及肿瘤增殖基因等。本研究一方面通过在HCT 116细胞内大规模感染GeCKO慢病毒文库,在全基因组范围筛选与HCT 116细胞增殖相关的基因。另一方面,通过在HCT 116细胞内大规模感染GeCKO慢病毒文库后,对细胞进行辐射损伤处理,以筛选出与细胞抗辐射相关的基因。方法:HCT 116细胞增殖相关基因筛选:1)将HCT 116细胞培养至约3 10~8个,使用GeCKO慢病毒文库进行大规模感染;感染1天后,更换为含有2 g/l嘌呤霉素的完全培养基继续培养6天,收取部分细胞作为6天样品组,剩余细胞继续培养至16天,并收取细胞。2)提取各组样品基因组DNA,采用巢式PCR法扩增sgRNA,连接T载体,琼脂糖凝胶电泳检测基因组插入sgRNA序列。3)将各样品基因组DNA使用Illumina测序平台进行高通量测序,并进行数据分析,使用MAGeCK软件分析筛选得到的与细胞增殖相关的基因。HCT 116细胞辐射相关基因筛选:1)将HCT 116细胞培养至约3 10~8个,使用GeCKO慢病毒文库进行大规模感染;感染1天后,更换为含有2 g/l嘌呤霉素的完全培养基继续培养6天,收取部分细胞作为6天样品组,剩余细胞分为两组即NC组和辐射组(IR组),对辐射组细胞使用钴60(Co)进行辐射处理,辐射剂量为6Gy,对NC组不作处理。2)继续培养细胞至13天,分别收取两组样品部分细胞,剩余细胞继续传代培养至20天,收取细胞。3)提取各组样品基因组DNA,将各样品基因组DNA使用Illumina测序平台进行高通量测序,并进行数据分析,使用MAGeCK软件分析筛选得到的与细胞抗辐射相关的基因。结果:1)在筛选与细胞增殖相关基因的实验中共获得has-mir-8086、FOXD4L4、ACTR1B等3299个阳性筛选基因,及POC1B-GALNT4、PLGLB2、has-mir-2054等2919个阴性筛选基因;从具有统计学显着性的阴性筛选的基因中选取评分阈值大于0.5(log2>0.5)的472个基因使用DAVID Bioinformatics Resources 6.8(https://david.ncifcrf.gov)进行GO富集分析(Gene Ontology Analysis)发现这些基因主要富集在RNA代谢和翻译等基本生物过程,表明其对细胞增殖是必需的。同时对阳性筛选的基因中评分阈值大于0.5(log2>0.5)的387个基因进行GO富集分析发现主要富集在补体触发、炎症反应调节、自然杀伤细胞趋化性等途径,这些基因有利于细胞增殖;2)成功对阳性筛选和阴性筛选得到的排名前十的miRNA进行了靶基因预测。3)在筛选与细胞辐射抗性相关基因的实验中筛选得到了与辐射相关的PHYKPL、HAUS1、FGD3等4680个阳性筛选基因,及ZIM2、PCDHGB7、PLN等1511个阴性筛选基因。这些基因涉及多个信号通路。结论:1)成功运用CRISPR/Cas9技术对HCT116细胞进行全基因组文库敲除;2)筛选得到与细胞增殖及抗辐射相关的基因,为细胞增殖及抗辐射研究提供了新的方向和思路。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2019-03-01）

王照,邵奎东,邴琪,马娜,任瑞冰^[4]（2019）在《鼠疫菌EV76株BAC基因组文库的构建》一文中研究指出目的构建鼠疫EV76株基因组BAC文库,为对鼠疫菌的分子变异、活菌疫苗的安全性等方面的研究奠定基础。方法凝胶包埋裂解法获得完整的鼠疫菌基因组,经HindⅢ部分酶切至50 kb～300 kb大小片段,连接载体pCC1BAC后,电转化于E.coli EPI300感受态,经氯霉素抗性、蓝白斑筛选得到阳性克隆,并对文库进行连接转化效率、稳定性、同源性等技术检测。结果所建文库各项指标符合预期,文库构建成功。结论鼠疫菌EV76株文库的成功构建,将为鼠疫的功能研究和疫苗稳定性的检测监控提供有力的依据。(本文来源于《中国地方病防治杂志》期刊2019年01期）

刘爱琴,谢恬,许新德,王秋岩,晁红娟^[5]（2018）在《宏基因组文库脂肪酶提取分离叶黄素晶体的工艺研究》一文中研究指出以万寿菊油树脂为原料,采用源于宏基因组文库脂肪酶处理,有机溶剂萃取的方法提取叶黄素,研究优化此过程的工艺条件。实验表明:万寿菊油树脂的最适溶解介质为乙醇溶液,宏基因组文库脂肪酶的添加量为万寿菊油树脂的2.0%,水解时间为12min,水解温度为50℃,液料比7v/m,提取温度40℃。对此工艺进行验证叶黄素提取率可达94.8%,收率为84.6%;总类胡萝卜素的含量为87.2%,其中含全反式叶黄素91.2%,全反式玉米黄质5.6%。与普通酶法提取叶黄素的方法相比较,本研究所采用的宏基因文库脂肪酶的效率更高,制备的叶黄素含量和收率更高,此方法明显优于普通酶法。(本文来源于《中国食品添加剂》期刊2018年12期）

陆坚,路卫卫,李伟亮,郭晓敏,杜丽琴^[6]（2018）在《高糖土壤宏基因组文库β-葡萄糖苷酶基因克隆表达及酶学性质分析》一文中研究指出【目的】通过宏基因组技术获取土壤微生物总DNA,运用基因克隆、功能筛选、基因表达等手段挖掘新型β-葡萄糖苷酶,为新型微生物资源的开发利用提供科学依据。【方法】提取高糖土壤宏基因组DNA,构建宏基因组文库;筛选文库并对阳性克隆子亚克隆,获得β-葡萄糖苷酶基因;PCR扩增目的基因,以pSE380为表达载体构建重组质粒,转化至大肠杆菌进行表达;采用镍亲和层析对重组酶纯化,研究其酶学性质。【结果】成功构建约含9.2万个克隆的高糖土壤宏基因组文库,获得一个新型β-葡萄糖苷酶基因unbgl3A。该基因大小为2241 bp,在氨基酸水平上,与Gen Bank数据库中已知β-葡萄糖苷酶的一致性为73%;该酶最适pH为6.0,最适温度为50℃,对对硝基苯基-β-D-吡喃葡萄糖苷(p-NPG)的K_m值为6.45 m M,V_(max)为50μmol/(mg·min)。在15～50℃热处理1 h后仍保留90%以上的酶活力,热稳定性较好,且被多种糖激活。【结论】宏基因组技术是获取新酶有效手段,获得的Unbgl3A具有良好酶学性质,可为进一步挖掘其应用潜力及研究耐热机理奠定基础。(本文来源于《西南农业学报》期刊2018年12期）

潘冰心,付汉江,郑晓飞^[7]（2018）在《利用CRISPR/Cas9全基因组文库筛选HCT 116细胞增殖相关基因》一文中研究指出目的利用CRISPR/Cas9全基因组文库大规模筛选与细胞增殖相关的基因。方法将HCT 116细胞大规模培养至1×10~8个,将CRISPR/Cas9全基因组慢病毒文库大规模感染,加入嘌呤霉素筛选6 d后收集部分细胞,剩余细胞继续培养10 d,收取全部细胞,提取基因组DNA,扩增单链向导RNA(sgRNA)序列、建库并进行深度测序,比较前后两组sgRNA序列数据,根据sgRNA序列数量筛选出与细胞增殖相关的基因。结果与结论筛选出了一批与HCT 116细胞增殖相关的蛋白编码基因及miRNA基因,获得了增殖相关miRNA及其靶基因的调控网络,为进一步验证分析这些基因在HCT 116细胞中的功能奠定了基础。(本文来源于《军事医学》期刊2018年11期）

高新炜,陆萍,毛相朝^[8]（2018）在《海洋宏基因组文库中新型酯酶的挖掘及其在游离全反式虾青素生产中的应用》一文中研究指出虾青素(Astanthin)作为已知最强的天然抗氧化剂,具有多种营养活性,在食品、水产养殖、医药及化妆品等行业具有良好的应用前景。从深海污泥宏基因组文库中,筛选得到一个具有良好热稳定性和耐碱性的新型酯酶(Est3-14)。其氨基酸序列与已报道蛋白氨基酸序列相比,最高相似度为51%,并确定Est3-14属于脂类水解酶第V家族。以雨生红球藻提取物作为底物,利用该新型酯酶可以高效催化制备游离全反式虾青素,在最佳条件下(0.5 mL无水乙醇,6 mL pH值为8.0的Tris-HCl缓冲液,0.5%(w/v)雨生红球藻油),在40℃下水解36h,虾青素酯的水解率可达99.3%,游离全反式虾青素的产率为200μg/mL,基本水解完全,产生副产物较少。成功构建了一条高效、绿色安全和经济地制备游离全反式虾青素的生物催化法。在相对温和的反应条件下绿色且经济地水解虾青素酯,与皂化法相比,获得了更纯的游离虾青素。较于其他脂肪酶法更加简便,节省了大量的时间并降低了成本。制备的游离虾青素与其他功能基团或者脂肪酸结合,有利于开发新的药物。(本文来源于《中国食品科学技术学会第十五届年会论文摘要集》期刊2018-11-07）

许婉婷,顾江,章金勇^[9]（2018）在《铜绿假单胞菌XN-1基因组文库的构建及其在疫苗抗原筛选中的应用研究》一文中研究指出目的 :构建铜绿假单胞菌(pseudomonas aeruginosa, PA)XN-1的全基因组文库,筛选铜绿假单胞菌新的疫苗抗原。方法 :提取我国分离的临床PA XN-1菌株全基因组,Sau3A I酶切成随机片段后经连接至Bam H I酶切后的pMal-C5X载体,转化至X-Blue获得随机重组子。随机重组子经IPTG诱导后使用溶菌酶裂解,收集含有融合的麦芽糖结合蛋白(MBP)的随机重组子的裂解上清,制成含有PA全基因组的蛋白随机文库。通过ELISA方法分别检测单个随机文库蛋白的免疫反应性。将经典的PA强反应抗原PcrV做为参照,分别计算单个随机抗原的相对反应强度并进行比较。提取反应较强的重组子的质粒,测定DNA序列后进行翻译和比对,得到整个强反应性抗原的氨基酸信息。结果 :成功构建PA XN-1的全基因组文库,筛选到强反应性抗原13个,其中4个抗原反应强度超过PcrV,分别为Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase D,Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase(PtsP),Phosphate-starvation-inducible E和Very short patch repair endonuclease。结论:基于高效表达系统的PA全基因组文库成功构建,可用于PA及其它病原的疫苗候选抗原的筛选研究。(本文来源于《第十叁届全国免疫学学术大会摘要汇编》期刊2018-11-07）

杨雨蒙,徐敬国,胡伊旻,史雅凝,辛志宏^[10]（2018）在《土壤微生物宏基因组文库构建及聚酮合酶基因的筛选》一文中研究指出土壤中包含丰富的聚酮合酶(PKS)生物合成基因簇,其编码合成的聚酮化合物具有抑菌、抗病毒、抗肿瘤等多种生物活性,在食品、医药、化工等领域具有广泛的应用。为发现新型PKS基因,本研究采用宏基因组技术,以采自大连地区的土壤为研究对象,构建土壤宏基因文库,分别根据Ⅰ型PKS和Ⅱ型PKS结构域保守序列设计探针,PCR靶向筛选到4个含有PKS基因的单克隆,经测序与构建系统发育树分析,发现这4个单克隆的PKS基因分别单独聚为一支,与已知菌株编码的聚酮化合物亲缘关系较远,提示这些单克隆具有合成结构新颖聚酮化合物的潜力。本研究结果拓展了天然产物的开发利用途径,为新型聚酮化合物的发掘以及新药的获得提供了新思路。(本文来源于《土壤通报》期刊2018年04期）

宏基因组文库论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

【背景】研究证实胃肠道微生物蕴含着丰富的耐盐基因,并可通过宏基因组学技术进行挖掘。【目的】对倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库耐盐菌株筛选、测序并分析其潜在耐盐基因。【方法】通过7%NaCl从已构建的倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库中筛选耐盐菌株,利用Illumina Solexa Genome Analyzer高通量测

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

宏基因组文库论文参考文献

[1].王健,黄芳,王芃,李山虎.利用CRISPR-Cas9全基因组文库筛选奥西替尼耐药基因FDX1[C].中国生物化学与分子生物学会2019年全国学术会议暨学会成立四十周年论文集.2019

[2].杨雁霞,范琴,杨云娟,唐湘华,慕跃林.胃肠道微生物宏基因组文库耐盐菌株的筛选、测序及潜在耐盐基因分析[C].第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集.2019

[3].潘冰心.利用CRISPR/Cas9全基因组文库筛选HCT116细胞增殖和辐射相关基因[D].安徽医科大学.2019

[4].王照,邵奎东,邴琪,马娜,任瑞冰.鼠疫菌EV76株BAC基因组文库的构建[J].中国地方病防治杂志.2019

[5].刘爱琴,谢恬,许新德,王秋岩,晁红娟.宏基因组文库脂肪酶提取分离叶黄素晶体的工艺研究[J].中国食品添加剂.2018

[6].陆坚,路卫卫,李伟亮,郭晓敏,杜丽琴.高糖土壤宏基因组文库β-葡萄糖苷酶基因克隆表达及酶学性质分析[J].西南农业学报.2018

[7].潘冰心,付汉江,郑晓飞.利用CRISPR/Cas9全基因组文库筛选HCT116细胞增殖相关基因[J].军事医学.2018

[8].高新炜,陆萍,毛相朝.海洋宏基因组文库中新型酯酶的挖掘及其在游离全反式虾青素生产中的应用[C].中国食品科学技术学会第十五届年会论文摘要集.2018

[9].许婉婷,顾江,章金勇.铜绿假单胞菌XN-1基因组文库的构建及其在疫苗抗原筛选中的应用研究[C].第十叁届全国免疫学学术大会摘要汇编.2018

[10].杨雨蒙,徐敬国,胡伊旻,史雅凝,辛志宏.土壤微生物宏基因组文库构建及聚酮合酶基因的筛选[J].土壤通报.2018

论文知识图

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