禾谷镰刀菌全基因组候选效应因子预测与分析

论文摘要

本研究根据已公布的禾谷镰刀菌的全基因组信息,以其全基因组蛋白序列为试验材料,通过生物信息学方法,对其候选效应分子及其功能进行预测和分析。首先利用SignalP、TMHMM、Protcomp、big-PI Predictor、TargetP等程序依次预测出其分泌类型的蛋白,再通过其序列大小和半胱氨酸的含量作进一步筛选,最后利用Blastp工具与非冗余蛋白质数据库进行比对,找出数据库中没有蛋白同源性的序列,从而获得候选效应分子。最终对禾谷镰刀菌全基因组的14 038个蛋白序列进行分析,预测了126个符合条件的候选效应分子。本研究通过LTR-FINDER程序对禾谷镰刀菌全基因组内的转座子进行分析,但未发现转座子存在,值得进一步分析研究。本研究采用生物信息学分析方法预测出了禾谷镰刀菌的候选效应分子并查找其基因组内转座子情况,可为进一步研究这些效应分子的功能,了解禾谷镰刀菌进化奠定基础。

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类型: 期刊论文

作者: 张悦,施维,李丹,徐志雄,陈子牛

关键词: 禾谷镰刀菌,全基因组,候选效应因子,转座子,生物信息学,致病机制,进化历程

来源: 江苏农业科学 2019年06期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农业基础科学,植物保护

单位: 昆明学院生命科学与技术系,云南交通技师学院

基金: 云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室开放基金项目(编号:GXKJ201606),云南省昆明市滇池水生态恢复重点实验室开放项目(编号:SST201607)

分类号: S432.44

DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2019.06.018

页码: 81-84

总页数: 4

文件大小: 149K

下载量: 184

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