基于生物信息学方法鉴定头颈部鳞状细胞癌的关键基因及信号通路

论文摘要

目的采用生物信息学方法筛选头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)的关键基因及信号通路,挖掘HNSCC早期诊治及预后分析的潜在分子标志物。方法从GEO数据库中下载5组HNSCC相关表达谱芯片数据,利用R语言中的软件包筛选在HNSCC与癌旁正常组织中呈现差异性表达的基因,对差异基因进行系统的生物信息学分析。结果本研究共鉴定了215个差异基因;其中上调基因共计79个,主要在40个GO条目(P<0.01)与14条信号通路(P<0.05)上富集;下调基因共计136个,主要在18个GO条目(P<0.01)与6条信号通路(P<0.05)上富集。基于PPI网络定义了16个hub基因,其中7个hub基因在HNSCC中表达上调且与HNSCC患者总体生存率相关(P<0.05),这些基因高度富集在3条肿瘤相关信号通路(P<0.01)。结论本研究鉴定了7个HNSCC的关键基因,分别为PLAUR、ITGA5、LAMB3、LAMC2、SERPINE1、ITGA6、ITGA3,它们主要在3条与肿瘤发生、发展相关的信号通路中发挥作用,是HNSCC早期诊治及预后分析的的潜在分子标志物。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张从红,冯华君,周春玲,王丁婷,赵飞鹏,赵冲,许胜恩,覃纲

关键词: 头颈部鳞状细胞癌,分子标志物,预后,生物信息学

来源: 中国中西医结合耳鼻咽喉科杂志 2019年05期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 西南医科大学附属医院耳鼻咽喉头颈外科

基金: 国家自然科学基金面上项目(81773529),四川省应用基础研究项目(2017JY0109)

分类号: R739.91;Q811.4

DOI: 10.16542/j.cnki.issn.1007-4856.2019.05.013

页码: 372-378+359

总页数: 8

文件大小: 1845K

下载量: 172

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标签：头颈部鳞状细胞癌论文;  分子标志物论文;  预后论文;  生物信息学论文;