首页> 正文

卤虫转录组EST-SSR标记开发及群体遗传多样性研究

2020-12-02阅读(530)

卤虫转录组EST-SSR标记开发及群体遗传多样性研究

论文摘要

本论文基于孤雌生殖卤虫转录组文库,利用获得的Unigene序列筛选微卫星位点,设计并合成170对SSR引物。用三个地理卤虫群体（新疆艾比湖卤虫群体Artemia parthenogenetica、山西运城卤虫群体Artemia sinica和西藏双湖卤虫群体Artemia tibetiana）进行通用引物筛选,有21对引物可以扩增出稳定、清晰的目的条带。结合荧光标记PCR扩增技术,最终有8对引物呈现多态性。微卫星标记开发数量少,可能与微卫星标记在三个地理卤虫群体中的通用性低有关。采用上述8对EST-SSR标记对中国三个卤虫地理群体进行了遗传多样性和遗传变异评估。8个微卫星位点在三个卤虫地理群体中的等位基因数的范围2-10,有效等位基因数范围为1.071-4.388。平均观测杂合度范围0.592-0.640,平均期望杂合度范围0.437-0.504,平均多态信息含量范围0.370-0.432,说明西藏双湖卤虫群体遗传多样性最低,而山西运城卤虫群体遗传多样性最高。三个卤虫群体间遗传分化系数为0.333,表明三个地理群体之间存在明显的遗传分化,这与三个卤虫群体属于不同种有关。运城与双湖卤虫群体间的遗传相似度最高（0.429）,艾比湖与双湖卤虫群体间最低（0.266）,表明运城与双湖卤虫群体的亲缘关系最近,与艾比湖卤虫群体的亲缘关系最远,这与运城和双湖卤虫群体属于两性生殖卤虫,而艾比湖卤虫群体属于孤雌生殖卤虫有关。中亚五个孤雌生殖卤虫地理群体（Kunlundinskoye,R4;Big Yarovoe,R6;Big Medvejie,R19;Seten,K6和Aral,K25）。选用自主开发的6对EST-SSR引物和文献中2对微卫星引物,对中亚卤虫群体进行遗传多样性分析。8对微卫星位点在五个卤虫群体中的平均多态信息含量表明,8对微卫星引物在R4和R6两个卤虫群体中属于中度多态,在其它三个群体中属于高度多态。等位基因数范围是2-6,有效等位基因数范围为1.516-4.205,期望杂合度范围为0.345-0.772,香农指数范围为0.612-1.568,表明K25和R19两个群体遗传多样性最高,可能和群体自身的多样性高有关。五个群体的遗传分化系数为0.132,表明这五个中亚卤虫群体间属于中度分化。R4和R19两个群体间的遗传分化系数最小（0.022）,遗传分化系数最大的两个群体是R6和K6（0.143）,不同的遗传分化程度可能与地理位置有关。Structure分析表明,R4和R19种群遗传结构较为相似,遗传信息渗透广泛。本研究表明,基于孤雌生殖卤虫转录组开发的微卫星多态性位点可用于分析卤虫群体遗传多样性、遗传分化和遗传结构分析。研究结果对部分亚洲区域卤虫遗传多样性和遗传结构有了基础认识,为我国乃至全球卤虫种质资源评估鉴定以及可持续开发利用建立技术平台。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 1 前言
  •   1.1 卤虫概述
  •     1.1.1 卤虫分类
  •     1.1.2 卤虫资源分布
  •     1.1.3 卤虫资源开发和利用现状
  •   1.2 分子标记技术
  •     1.2.1 分子标记类型
  •     1.2.2 微卫星分子标记
  •     1.2.3 微卫星分子标记开发
  •     1.2.4 卤虫分子标记的研究
  •   1.3 三引物PCR
  •   1.4 遗传多样性和遗传分化
  •     1.4.1 遗传多样性和遗传分化概念
  •     1.4.2 遗传多样性度量参数
  •   1.5 目的意义
  •   1.6 技术路线
  • 2 材料与方法
  •   2.1 实验材料
  •     2.1.1 材料
  •     2.1.2 试剂
  •     2.1.3 实验仪器
  •   2.2 实验方法
  •     2.2.1 卤虫孵化和养殖
  •     2.2.2 卤虫核型分析
  •     2.2.3 卤虫生殖特性分析
  •     2.2.4 卤虫DNA提取及浓度测定
  •     2.2.5 转录组构建与引物筛选
  •     2.2.6 卤虫遗传多样性分析
  • 3 结果
  •   3.1 卤虫生殖特性
  •   3.2 卤虫核型分析
  •   3.3 转录组文库分析
  •   3.4 微卫星引物筛选
  •     3.4.1 中国卤虫群体EST-SSR初筛
  •     3.4.2 中国卤虫群体EST-SSR复筛
  •     3.4.3 中国卤虫群体EST-SSR终筛
  •     3.4.4 中亚地区卤虫群体微卫星筛选
  •   3.5 中国三个地区卤虫群体遗传多样性分析
  •     3.5.1 遗传多样性分析
  •     3.5.2 遗传分化和遗传距离分析
  •   3.6 中亚地区卤虫群体遗传多样性和遗传结构分析
  •     3.6.1 遗传多样性分析
  •     3.6.2 遗传分化和遗传距离分析
  •     3.6.3 遗传结构分析
  •   3.7 亚洲区域卤虫群体遗传多样性分析
  •     3.7.1 遗传多样性分析
  •     3.7.2 遗传分化和遗传距离分析
  • 4 讨论
  •   4.1 EST-SSR标记开发
  •   4.2 卤虫遗传多样性
  •   4.3 卤虫遗传分化和遗传结构
  • 5 结论
  •   5.1 结论
  •   5.2 论文创新点
  •   5.3 论文不足之处
  • 6 展望
  • 7 参考文献
  • 8 致谢

    • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 许如意

    导师: 隋丽英

    关键词: 卤虫,转录组,遗传多样性,遗传分化,遗传结构

    来源: 天津科技大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学,生物学

    单位: 天津科技大学

    基金: 天津市科技计划项目

    分类号: Q953

    DOI: 10.27359/d.cnki.gtqgu.2019.000282

    总页数: 68

    文件大小: 4760K

    下载量: 30

    相关论文文献

    • [1].糜子EST-SSR分子标记的开发及种质资源遗传多样性分析[J]. 植物学报 2019(06)
    • [2].利用EST-SSR评估糜子资源遗传差异[J]. 中国农业科学 2019(22)
    • [3].基于不结球白菜转录组EST-SSR标记开发及多态性分析[J]. 农业生物技术学报 2020(01)
    • [4].基于EST-SSR分子标记的广东油棕种质资源的遗传多样性分析[J]. 中国热带农业 2019(06)
    • [5].茄子EST-SSR分子标记的鉴定及多态性分析[J]. 中国细胞生物学学报 2020(08)
    • [6].沙打旺EST-SSR分子标记开发及其遗传多样性分析[J]. 草业学报 2019(11)
    • [7].高羊茅EST-SSR标记开发及遗传多样性分析[J]. 园艺学报 2016(12)
    • [8].基于荧光检测技术的多花黑麦草EST-SSR指纹图谱的构建[J]. 中国农业科学 2017(03)
    • [9].生菜EST-SSR的分布特征分析（英文）[J]. Agricultural Science & Technology 2016(12)
    • [10].铁皮石斛EST-SSR分子标记的开发[J]. 核农学报 2017(04)
    • [11].皂荚EST-SSR分子标记开发与分析评价[J]. 植物遗传资源学报 2017(01)
    • [12].越橘EST-SSR分子标记的开发及其遗传多样性分析[J]. 西北农林科技大学学报(自然科学版) 2016(12)
    • [13].紫薇EST-SSR标记的开发与利用[J]. 北方园艺 2016(22)
    • [14].广西莪术EST-SSR标记开发[J]. 现代中药研究与实践 2017(02)
    • [15].基于EST-SSR标记的湖北茶树种质资源遗传多样性分析[J]. 分子植物育种 2017(05)
    • [16].铁皮石斛EST-SSR引物的评价、甄选与应用研究[J]. 植物研究 2017(01)
    • [17].花椰菜EST-SSR反应体系的优化[J]. 分子植物育种 2015(11)
    • [18].鸟巢蕨EST-SSR标记的开发与应用[J]. 华北农学报 2015(06)
    • [19].菠萝蜜EST-SSR标记开发及其种质资源遗传多样性分析[J]. 安徽农业科学 2016(11)
    • [20].利用苹果EST-SSR分析木瓜属种质遗传多样性[J]. 生物技术通报 2016(07)
    • [21].偃麦草EST-SSR标记开发及应用[J]. 草业科学 2016(08)
    • [22].文心兰EST-SSR标记的开发及其在遗传多样性分析中的应用[J]. 分子植物育种 2016(11)
    • [23].基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测[J]. 海洋与湖沼 2015(03)
    • [24].检疫性杂草毒莴苣EST-SSR标记的开发及应用[J]. 植物保护学报 2015(04)
    • [25].尖镰孢菌EST-SSR遗传多样性分析及通用性评价[J]. 植物保护学报 2015(05)
    • [26].圭亚那柱花草新EST-SSR标记验证及其在柱花草属上的转移[J]. 热带作物学报 2015(10)
    • [27].鲢EST-SSR标记的开发及其与生长性状关联性分析[J]. 水生生物学报 2020(03)
    • [28].杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析[J]. 福建农业学报 2020(05)
    • [29].基于EST-SSR标记的贵州野生刺梨居群遗传多样性分析[J]. 中国农业科学 2017(06)
    • [30].民族药青叶胆EST-SSR反应体系建立及引物筛选[J]. 时珍国医国药 2016(11)

    标签：;  ;  ;  ;  ;  

    卤虫转录组EST-SSR标记开发及群体遗传多样性研究
    下载Doc文档

    猜你喜欢

    © 2024 毕论降 版权所有 鄂ICP备12018319号-6