青藏高原东南缘地区恒河猴遗传多样性研究

论文摘要

恒河猴（Macaca mulatta）作为猕猴属中数量最多、地理分布范围最广的一个种,遍布了中国60%以上的省份。但对青藏高原东南缘恒河猴野生群体的遗传多样性状况知之甚少。本实验利用非损伤采样方法,共采集了中国青藏高原东南缘四个省份11个地区共294个野生恒河猴粪便样品,基于野生恒河猴mtDNA D-loop区部分序列和Cyt b基因全序列作为分子标记,对我国青藏高原东南缘恒河猴的遗传多样性进行了评估并试图利用mtDNA Cyt b基因作为恒河猴亚种条形码从分子水平对野生状况下的恒河猴进行亚种归类,其结果将为我国青藏高原东南缘野生恒河猴群体的遗传资源的有效保护和利用提供一定的科学依据。主要结果如下:1)本研究对来自青藏高原东南缘地区共11个地理种群294个不同恒河猴个体的线粒体DNA控制区序列片段进行了测定和分析,共发现84个变异位点（17.6%）,并定义了36个单倍型,其中有21个单倍型是首次被报道。在所有的单倍型中,仅有2个单倍型是种群间共享单倍型（JC1、DB4）,其余34单倍型均是各个种群特有的单倍型。2)通过DNAsp 5.0软件计算了青藏高原东南缘11个地区恒河猴整体的遗传多样性相关参数,结果表明:核苷酸多样性（Pi）值为0.0303±0.0031,单倍型多样性（Hd）值为0.911±0.007,平均核苷酸差异数（K）值为14.293,表明青藏高原东南缘地区整体的遗传多样性较高,但是部分种群,如西藏类乌齐（LWQ）、江达（JD）和青海玉树（YS）种群的遗传多样性水平较低。3)基于恒河猴线粒体DNA D-loop控制区部分序列共36个单倍型构建了系统发育树。系统发育分析的结果表明,青藏高原东南缘地区的恒河猴群体分为两大支系:Clade I、Clade II,这两个支系分别相应于西藏亚种（M.m.vestita）和川西亚种（M.m.lasiotis）。4)以Cyt b基因序列作为DNA亚种分类条形码构建的系统发育树表明,本次研究的恒河猴群体明显聚为西藏亚种和川西亚种两大支,与根据线粒体DNA D-loop控制区序列得到的结论高度一致。这说明Cyt b基因可以作为一种可靠的DNA条形码用于恒河猴亚种鉴定之中。

论文目录

摘要

Abstract

1 前言

1.1 恒河猴研究背景

1.1.1 恒河猴概述

1.1.2 恒河猴生存现状及保护状况

1.2 MtDNA及其在系统发育分析中的应用

1.2.1 MtDNA概述

1.2.2 MtDNA在动物系统发育分析中的应用

1.2.2.1 MtDNA D-loop区在动物系统进化的研究

1.2.2.2 MtDNA Cytb基因在系统发育的研究

1.2.2.3 MtDNA D-loop区及Cytb基因的联合应用

1.3 恒河猴分子地理学及遗传多样性研究

1.3.1 恒河猴的分子地理学研究

1.3.2 恒河猴遗传多样性研究进展

1.4 本研究的目的与意义

2 材料与方法

2.1 试验材料

2.1.1 样品采集

2.1.2 主要试验仪器设备

2.1.3 试验用主要试剂及相关耗材

2.2 试验方法

2.2.1 粪便基因组DNA提取与检测

2.2.2 目的片段扩增及测序

2.2.2.1 恒河猴mtDNA D-loop区高变区序列扩增

2.2.2.2 恒河猴mtDNA Cytb基因序列扩增

2.3 数据分析

2.3.1 序列拼接与比对

2.3.2 系统发育分析

2.3.3 种群分化状况及遗传多样性分析

3 结果与分析

3.1 基因组DNA检测结果

3.1.1 基因组DNA电泳检测结果

3.1.2 MtDNA D-loop高变区序列片段电泳检测结果

3.1.3 MtDNA Cytb序列电泳检测结果

3.2 恒河猴mtDNA D-loop区多样性分析

3.2.1 11个种群及云南参考种群的种群内、种群间mtDNA D-loop区序列特征

3.2.2 野生恒河猴种群遗传多样性分析

3.2.3 基于恒河猴mtDNA D-loop区序列的分子方差分析（AMOVA）

3.2.4 11个地区恒河猴种群分化及遗传结构分析

3.2.4.1 11个恒河猴种群间基因流（Nm）和遗传分化系数（Fst）

3.2.4.2 11个恒河猴种群及云南参考种群内与种群间遗传距离（D）

3.2.5 恒河猴mtDNA D-loop区系统发育分析

3.2.5.1 11个恒河猴野外种群系统发生树的构建

3.2.5.2 恒河猴野外种群单倍型网络图

3.2.6 种群历史动态分析

3.3 恒河猴mtDNA Cytb基因序列分析

3.4 恒河猴mtDNA Cytb基因系统发育分析

3.5 恒河猴mtDNA Cytb基因种群历史动态分析

3.6 基于mtDNA Cytb基因的分子方差分析（AMOVA）

4 讨论

4.1 恒河猴mtDNA序列的选择

4.2 恒河猴遗传多样性

4.3 恒河猴的种群遗传分化与基因流

4.4 恒河猴系统发育关系

5 结论

参考文献

致谢

附录

作者简历

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 苏倩

导师: 徐怀亮

关键词: 青藏高原,恒河猴,线粒体,遗传多样性,系统发育分析

来源: 四川农业大学

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学,生物学

单位: 四川农业大学

基金: 青藏高原地区恒河猴对高海拔环境的适应性进化研究,国家自然科学基金项目[项目批准号:31370407],年限2014-2017

分类号: Q953

DOI: 10.27345/d.cnki.gsnyu.2019.000338

总页数: 68

文件大小: 2106k

下载量: 10

青藏高原东南缘地区恒河猴遗传多样性研究

论文摘要

论文目录

文章来源

相关论文文献

猜你喜欢