橄榄转录组密码子使用偏好性及其影响因素

论文摘要

为了解橄榄密码子使用偏好特征,以福榄1号橄榄为材料,利用codonW和EMBOSS等软件分析橄榄转录组密码子使用偏好性参数,并探讨偏好性形成的可能因素。结果表明,橄榄转录组平均有效密码子数（ENc）、密码子G和C（GC）含量及密码子第3位上G和C（GC3s）含量分别为51.80、0.435和0.377,表明橄榄转录组密码子使用偏好性较弱,且倾向使用富含A和T且以A或T结尾的密码子。橄榄转录组高低表达基因样本之间同义密码相对使用度（RSCU）差异较小,其中CGC、ATC、CTC和ACC等可作为橄榄最优密码子群。密码子组分分析、中性绘图分析、ENc-GC3s关联分析和偏倚分析结果表明,橄榄转录组密码子使用偏好性可能是以突变压力为主,多种作用方式共同影响的结果。此外,烟草和酵母菌可作为橄榄目标基因异源转化的理想受体系统。本试验结果为进一步研究橄榄遗传背景和分子进化提供了一定的科学依据。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 赖瑞联,冯新,陈瑾,钟春水,陈义挺,吴如健

关键词: 橄榄,转录组,密码子使用偏好性,突变

来源: 核农学报 2019年01期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,园艺

单位: 福建省农业科学院果树研究所

基金: 福建省属公益类科研院所基本科研专项(2018R1013-3,2016R1013-15),农业部物种品种资源保护(热带作物)项目(151721301354051701)

分类号: Q943.2;S667.5

页码: 31-38

总页数: 8

文件大小: 1498K

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