邻苯二甲酸二丁酯降解菌的分离及降解机理研究

邻苯二甲酸二丁酯降解菌的分离及降解机理研究

论文摘要

邻苯二甲酸酯(Phthalic Acid Esters,PAEs)作为增塑剂被广泛应用于实际生活,其中邻苯二甲酸二丁酯(Di-n-butyl Phthalate,DBP)是最常用的PAEs之一。随着PAEs的生产、运输和废弃,PAEs逐渐渗入环境,对空气、水体、土壤和生物体都造成了严重的威胁。由于非生物降解PAEs具有局限性,所以微生物降解成为目前治理环境PAEs污染的主要途径,因此筛选具有PAEs高效降解能力的菌株,并应用于环境,对于PAEs造成的环境污染的生物修复具有重要意义。本研究从受石油严重污染的土壤中分离出来一株好氧、利用DBP生长的革兰氏阴性菌;经形态学,系统发育进化分析确定其属于Xanthobacter sp.(黄色杆菌属),并命名为YC-JY1;通过生理生化实验,初步确定菌株YC-JY1可利用的物质和所含有的抗性基因。菌株YC-JY1降解特性实验结果显示,YC-JY1降解DBP的最适条件为30°C和pH 7.0,此时YC-JY1在5 d内可降解94%以上的100-400 mg/L DBP;对于更高浓度DBP的降解,YC-JY1可能需要更长时间;NaCl对YC-JY1降解DBP具有抑制作用,金属离子和表面活性的使用对YC-JY1降解DBP也有不同的促进或抑制。底物谱实验确定了YC-JY1可利用的邻苯二甲酸酯,其中100 mg/L的邻苯二甲酸二戊酯(Di-n-pentyl Phthalate,DPeP),100 mg/L的邻苯二甲酸二己酯(Dihexyl Phthalate,DHP)和100 mg/L的邻苯二甲酸单丁酯(Monobutyl Phthalate,MBP)在5 d内的降解率均高于95%。通过高效液相色谱-质谱联用(HPLC-MS)确定DBP中间降解产物为MBP和邻苯二甲酸(Phthalic Acid,PA);由此推断,在YC-JY1的作用下,DBP的降解途径为:DBP首先水解为MBP,MBP继续水解最终生成PA。为了验证YC-JY1在实际生活中的应用潜能,我们进行了土壤模拟修复实验;实验结果显示YC-JY1在10 d内对三种不同类型土壤中DBP的降解率均在70%以上,在实际土壤环境中表现出良好的应用潜力。确定DBP的降解途径后,我们对其降解途径中关键基因进行了筛选。基于PAEs水解酶在菌株YC-JY1中的水解酶活性与类型实验,我们确定YC-JY1中的PAEs水解酶是一胞内诱导型水解酶,并且在菌株生长到对数期末时水解酶活性最高。依据已报道的PAEs酯酶基因设计引物对YC-JY1基因组进行扩增,并未发现含有已报道酯酶基因的同源序列,进而通过基因组文库构建筛选PAEs水解酶基因。通过基因组文库构建,我们从YC-JY1中克隆到一个水解酶基因dphC,并将其编码的氨基酸序列与已报道的PAEs酯酶序列进行序列比对和系统发育分析;结果表明DphC的氨基酸序列中含有“GXSXG”保守结构,并推测DphC可能是一个新的PAEs二酯酶。在进一步实验中,我们构建了水解酶基因dphC的重组表达载体并纯化重组蛋白;重组水解酶DphC在30°C、pH 8.0的条件下,相对酶活达到最高;DphC的底物谱实验说明,DphC能够降解多种邻苯二甲酸二酯,但不能降解DPrP和MBP;对于可降解底物,我们对其动力学参数进行了相应的计算;应用HPLC-MS分析DphC降解DBP的产物,只能检测到MBP,未检测到PA的存在。综上所述,我们可以确定水解酶DphC是一个新的PAEs二酯酶。

论文目录

  • 摘要
  • abstract
  • 英文缩略表
  • 第一章 引言
  •   1.1 DBP在环境中的分布
  •     1.1.1 DBP在空气环境中的分布
  •     1.1.2 DBP在土壤环境中的分布
  •     1.1.3 DBP在水体环境中的分布
  •   1.2 DBP的毒理学危害
  •   1.3 PAES的非生物降解
  •   1.4 PAES的微生物降解
  •     1.4.1 PAEs相关降解菌株
  •     1.4.2 PAEs微生物降解途径
  •     1.4.3 PAEs降解基因和降解基因簇
  •   1.5 研究目的及意义
  • 第二章 邻苯二甲酸二丁酯降解菌的分离与鉴定
  •   2.1 实验材料
  •     2.1.1 土壤材料
  •     2.1.2 试剂材料
  •     2.1.3 实验仪器
  •     2.1.4 培养基
  •   2.2 实验方法
  •     2.2.1 DBP降解菌株的筛选与降解功能验证
  •       2.2.1.1 降解菌株的富集与分离
  •       2.2.1.2 DBP的标准曲线的建立和GC检测方法
  •       2.2.1.3 降解菌株对DBP的降解功能验证
  •     2.2.2 DBP降解菌株的鉴定
  •       2.2.2.1 DBP降解菌株的形态学鉴定
  •       2.2.2.2 DBP降解菌株的系统发育鉴定
  •       2.2.2.3 DBP降解菌株的生理生化功能鉴定
  •   2.3 结果与分析
  •     2.3.1 DBP降解菌株的分离
  •     2.3.2 菌株YC-JY1对DBP的降解验证
  •     2.3.3 菌株YC-JY1的形态学鉴定
  •     2.3.4 菌株YC-JY1的系统发育鉴定
  •     2.3.5 菌株YC-JY1的生理生化鉴定
  •   2.4 本章小结与讨论
  • 第三章 菌株YC-JY1的降解特性及土壤模拟修复
  •   3.1 实验材料
  •     3.1.1 实验仪器
  •     3.1.2 相关培养基和溶液的配制
  •     3.1.3 底物检测方法
  •   3.2 实验方法
  •     3.2.1 环境因素对菌株YC-JY1降解DBP的影响
  •     3.2.2 菌株YC-JY1的降解底物谱
  •     3.2.3 菌株YC-JY1降解DBP中间降解产物的确定
  •     3.2.4 菌株YC-JY1的土壤模拟修复实验
  •   3.3 结果与分析
  •     3.3.1 pH对菌株YC-JY1降解DBP的影响
  •     3.3.2 温度对菌株YC-JY1降解DBP的影响
  •     3.3.3 盐度对菌株YC-JY1降解DBP的影响
  •     3.3.4 菌株YC-JY1对不同浓度DBP的降解能力
  •     3.3.5 金属离子对菌株YC-JY1降解DBP的影响
  •     3.3.6 表面活性剂对菌株YC-JY1降解DBP的影响
  •     3.3.7 菌株YC-JY1的降解底物谱
  •     3.3.8 菌株YC-JY1对DBP降解途径推测
  •     3.3.9土壤模拟修复实验
  •   3.4 本章小结与讨论
  • 第四章 菌株YC-JY1的基因组文库构建与水解酶性质研究
  •   4.1 实验材料
  •     4.1.1 实验仪器
  •     4.1.2 酶促反应缓冲液配制
  •     4.1.3 ?KTA蛋白纯化缓冲液的配制
  •     4.1.4 SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)相关材料的配制
  •   4.2 实验方法
  •     4.2.1 菌株YC-JY1中已报道酯酶的基因扩增
  •     4.2.2 菌株YC-JY1中PAEs水解酶活性
  •     4.2.3 菌株YC-JY1中PAEs水解酶类型
  •     4.2.4 PAEs水解酶基因的克隆和分析
  •       4.2.4.1 菌株YC-JY1的基因组酶切
  •       4.2.4.2 克隆载体pUC19的酶切与脱磷作用
  •       4.2.4.3 菌株YC-JY1基因组文库的构建
  •     4.2.5 水解酶DphC的表达与纯化
  •     4.2.6 水解酶DphC酶学性质分析
  •       4.2.6.1 水解酶DphC酶活定义
  •       4.2.6.2 水解酶DphC最适反应条件
  •       4.2.6.3 水解酶DphC的底物谱及动力学参数
  •   4.3 结果与分析
  •     4.3.1 菌株YC-JY1中可能存在的酯酶基因扩增
  •     4.3.2 菌株YC-JY1中PAEs水解酶活性与类型
  •     4.3.3 PAEs水解酶基因的筛选与克隆
  •       4.3.3.1 菌株YC-JY1基因组与pUC19 质粒的酶切
  •       4.3.3.2 菌株YC-JY1基因组文库的构建
  •       4.3.3.3 插入片段的序列分析
  •     4.3.4 PAEs水解酶基因的表达与纯化
  •       4.3.4.1 重组基因表达载体的构建及阳性克隆验证
  •       4.3.4.2 重组载体的基因表达及蛋白纯化
  •     4.3.5 水解酶DphC的酶学特征及动力学参数
  •       4.3.5.1 pH对水解酶DphC降解DBP的影响
  •       4.3.5.2 温度对水解酶DphC降解DBP的影响
  •       4.3.5.3 水解酶DphC的动力学参数及DBP降解产物分析
  •   4.4 本章小结与讨论
  • 第五章 全文结论
  •   5.1 研究结果
  •   5.2 创新点
  •   5.3 展望
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 作者简历
  • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 王嘉翼

    导师: 闫艳春

    关键词: 生物降解,邻苯二甲酸二丁酯,黄色杆菌,二酯酶

    来源: 中国农业科学院

    年度: 2019

    分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑

    专业: 生物学,环境科学与资源利用,环境科学与资源利用

    单位: 中国农业科学院

    基金: 国家自然科学基金项目(31540067,21876201),中国农业科学院基本科研业务基金项目(1610042017001,1610042018005 和 1610042018006)

    分类号: X592;X172

    总页数: 77

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