空肠弯曲菌galE基因变异株的临床意义研究

空肠弯曲菌galE基因变异株的临床意义研究

束晓梅[1]2004年在《空肠弯曲菌galE基因变异株的临床意义研究》文中提出目的:研究鉴定galE基因敲除后空肠弯曲菌变异株脂寡糖结构及抗原性的改变。方法:对galE变异株及其亲代株CJ(CJ HB9313,HS:19型)进行如下实验:①热酚水法分别提取两菌株脂寡糖(Lipo-oligosaccharide,LOS);②以亲代株的LOS 为抗原,全身免疫新西兰白兔制备抗LOS血清;③选用Tricine- SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳系统,对亲代株和galE基因变异株的LOS电泳分离,分别对其凝胶银染、免疫印迹(兔抗血清为第一抗体,HRP标记的羊抗兔IgG为二抗)及霍乱毒素配体印迹检查(HRP标记的霍乱毒素B亚单位为神经节苷脂GM1的特异性配体)。结果:①galE变异株的LOS电泳迁移较亲代株快速,前者分子量约为4.5kDa,后者约5.5kDa,提示galE变异株的 LOS分子有部分丧失。②亲代株的LOS可与兔抗血清特异性结合,galE变异株LOS则丧失此结合能力,进一步证明galE变异株LOS的部分抗原结构缺失。③亲代株LOS可与特异性配体CTB(霍乱毒素B亚单位)结合显色,说明存在神经节苷脂GM1样结构(位于LOS外核糖基),而galE变异株的LOS不能与CTB结合,表明变异株LOS缺失的正是外核部分糖基,故结合在外核上的GM1等神经节苷脂模拟结构也均缺失。结论:galE变异株丧失了脂寡糖外核糖基及其神经节苷脂GM1样结构,从而改变LOS的抗原性和对周围神经免疫致病力,并因此可能成为CJ安全减毒活菌苗的候选菌株。

李鑫[2]2010年在《空肠弯曲菌galE及Cj1136、Cj1138、Cj1139基因序列对比研究》文中研究表明目的:空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni, C. jejuni)是世界范围内导致细菌性腹泻的主要病原菌之一,部分格林—巴利综合征(Guillain-Barre syndrome, GBS)是发生于C. jejuni感染后的周围神经疾病。根据不同的神经生理学和病理学特点,GBS被分为急性炎症性脱髓鞘性多发性神经病(AIDP)、急性运动轴索性神经病(AMAN)、和Miller-Fisher综合征(MFS)等几种亚型。自2000年C.jejuni NCTC11168菌株的全基因序列完成以来,现已有5株C.jejuni的全基因组序列发表在GeneBank中。现有大量研究表明空弯表面的脂寡糖(LOS)成分和周围神经的神经节苷脂之间的分子模拟导致免疫损伤是空弯感染后GBS的主要发病机制。galE及Cj1136、Cj1138、Cj1139基因编码的多种蛋白参与了细菌表面LOS的生物合成。本研究从基因突变的角度出发,选择华北地区具有致GBS特性的叁株空肠弯曲菌菌株,对其LOS合成相关的galE及Cj1136、Cj1138、Cj1139基因序列进行测定,以了解华北地区致轴索型GBS的空弯菌株核酸序列特征,并同GenBank中的空弯菌株相应序列进行对比分析,寻找基因突变和变异与致病性的关系,及菌株的基因地域特点并分析其遗传进化关系。方法:细菌培养选取分离自华北地区AMAN型GBS病人的C.jejuni菌株。血清分型为pennerO:19型,pennerO:2型,pennerO:5型。取C.jejuni专用CM0739培养基(Oxid公司英国),按说明书制备固体培养基。将菌株接种于CM0739固体培养基,置于厌氧培养箱中,在37℃微需氧条件下培养,传代48-72 h收菌。基因DNA组提取应用promega公司的Wizard基因提取试剂盒,按照试剂盒说明提取C.jejuni基因组DNA。序列测定将细菌基因组DNA送至Analytical Genetics Technology Centre, University Health Network,Toronto Princess Margaret Hospital及深圳华大基因研究院测序。序列对比和进化分析以NCTC11168为对照寻找存在的突变并应用Mega version 4软件,将3株C.jejuni的galE、Cj1136、Cj1138、Cj1139基因序列同BLAST获得序列的的相应位点及进行多序列对比,寻找变异碱基,计算序列间的遗传距离并以Neighbor -Joining(NJ)法构建进化树。结果:叁株C. jejuni菌株的galE基因由987个碱基构成;Cj1136基因由1173个碱基构成;Cj1138基因由1170个碱基构成;Cj1139基因由912个碱基构成,与NCTC11168的galE及Cj1136、Cj1138、Cj1139基因序列相比,此3株致GBS C. jejuni中galE基因核苷酸序列有4个相同碱基突变并导致了4个对应的相同氨基酸突变。遗传距离计算,qiaoyuntao株、zhanxing株及lulei株的galE基因序列分别与CF93-6、CF93-6及HB93-13株的相似程度最高,遗传距离分别为0.1%、0.2%,0.6%。zhanxing株与qiaoyuntao株距离为1.5%,zhanxing株与lulei株距离为1.6%,qiaoyuntao株与lulei株距离为0.5%。此3株致GBS C. jejuni中Cj1138存在2个相同的碱基突变并导致了2个对应的相同氨基酸突变。遗传距离计算,3株致GBS C. jejuni的Cj1138基因之间最大遗传距离为2.1%。结论:与NCTC11168相比GBS相关C. jejuni中galE及Cj1138基因序列存在相同碱基突变,这些碱基突变可能与C. jejuni致GBS能力的改变相关。该3株致GBS C. jejuni的galE、Cj1136、Cj1138、Cj1139基因遗传距离较小,反映河北地区致GBS的C. jejuni在进化上存在聚类现象,具有一定的区域特征。

束晓梅, 蔡方成[3]2004年在《galE基因敲除后空肠弯曲菌变异株脂寡糖结构的改变》文中提出目的 :研究galE基因敲除后空肠弯曲菌变异株脂寡糖结构改变。方法 :提取空肠弯曲菌 (CJ)HB9313及galE-变异株脂寡糖 ,Tricine SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳分离后 ,分别进行银染、免疫印迹及霍乱毒素配体印迹检查。结果 :与野生株比较变异株的脂寡糖分子量变小 ,电泳迁移速度快 ,不能与CJHB9313脂寡糖抗体结合 ,并失去与其配体结合的能力。结论 :galE基因敲除变异株丧失了脂寡糖外核糖基及神经节苷脂CM1样结构 ,可能成为安全减毒活菌苗的有力候选者

束晓梅, 蔡方成[4]2005年在《空肠弯曲菌galE变异株免疫原性及免疫保护性评价》文中研究表明目的评价galE变异株免疫原性及免疫保护效力。方法分别采用galE变异株低菌量及高菌量单次或重复免疫(口服)BALB/c小鼠,ELISA方法检测动物肠液及血清中特异性sIgA及IgG的滴度。免疫后26d,用大剂量CJ攻击被免疫动物,观察galE变异株的保护效应。结果①低菌量及高菌量galE变异株单次或重复免疫后,动物肠液及血液中sIgA及IgG滴度均明显增高,与阴性对照组比较差异非常显着(P<0.01);未显示低剂量与高剂量之间、单次免疫与重复免疫之间抗体水平有明显差异(P>0.05);与亲代株免疫组比较,抗体水平也无明显不同(P>0.05)。②galE变异株免疫可明显降低动物受CJ攻击后的疾病指数(P<0.01),变异株的临床保护效率为79.5%~83.1%;清除CJ肠定植的能力明显高于阴性对照组(P<0.05);低菌量与高菌量之间,单次及重复免疫清除肠道感染效力无明显差异(P>0.05)。结论①galE变异株保留与亲代株相似的免疫原性及免疫保护性,可刺激动物产生特异性抗体,有效保护细菌攻击,明显降低动物疾病指数,缩短细菌肠道定植时间。②galE变异株仅小剂量单次口服即可产生良好的免疫效果。

郭医杰[5]2009年在《致GBS空肠弯曲菌全基因组序列突变基因的初步分析》文中指出目的空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni, C. jejuni, Cj)是细菌性腹泻最常见的致病菌之一。近年的研究表明,大部分GBS的发生与空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni , Cj)某些菌株前驱期感染有关。随着神经生理和病理学的研究进展,将GBS重新划分为急性炎症性脱髓鞘性多发性神经病(AIDP)、急性运动轴索性神经病(AMAN)、急性运动感觉性轴索性神经病(AMSAN)、Miller-Fisher综合征(MFS)等几种亚型。GBS的发生常与C. jejuni某些特定的血清型有关。本研究从基因突变的角度出发,选择叁株本地区的具有致GBS致病性的空肠弯曲菌菌株,针对不同的基因片段(如cj1119-cj1152,cj1293-cj1342, cj1293-cj1342等),与NCTC11168序列比对分析,寻找基因突变和变异与致病性的关系,及菌株的基因地域特点。方法选取分离自华北地区AMAN型GBS病人的C.jejuni菌株。血清分型为pennerO:19型,pennerO:2型,pennerO:5型。已经测出的pennerO:2、pennerO:5、pennerO:19的全基因组序列。应用Sequence Alignment软件将pennerO:2、pennerO:5、pennerO:19的全基因组序列与Genbank中NCTC11168序列比较,找出突变碱基。查阅文献中推测和已经确定的突变基因,找到此基因片段分别在pennerO:2、pennerO:5、pennerO:19中与NCTC11168序列比较的突变碱基。分别找到叁株菌中的突变碱基后,分别统计在同一碱基位点叁株菌的突变,分为叁种情况:①同一碱基位点叁株菌均突变;②同一碱基位点任两株菌突变③同一碱基位点只有一株菌突变。按基因片段中碱基突变的个数将突变基因片段进行排序。根据排序以及文献,将突变基因分为五类:①经实验已经确定的致GBS的基因;②根据排序推测较有意义的突变基因;③根据排序推测有意义的突变基因;④根据排序推测意义较小的突变基因;⑤根据排序推测无突变的基因。分析菌株差异及基因突变的意义。结果1.与NCTC11168全基因组序列相比,lulei株有13183个碱基突变,qiaoyuntao株有3624个碱基突变,zhanxing株有16505个碱基突变。2.从文献中共找到137个推测的和已经确定的致GBS的突变基因片段。lulei株、qiaoyuntao株、zhanxing株在相同碱基位点核苷酸均突变的基因片段有22个,叁株菌中任意两株菌在相同的碱基位点产生核苷酸突变的基因片段共有50个,在同一碱基位点叁株菌无相同的核苷酸突变的基因片段共40个,叁株菌均无核苷酸突变的基因片段有25个。3.文献中已经确定的并经实验证实致GBS突变基因有galE、neuB1、cst-Ⅱ和waaF,经排序后推测较有意义的突变基因有20个,有突变意义的基因50个,突变意义较小的突变基因有40个,无突变意义的基因有23个。结论从文献中共找到137个推测的和已经确定的致GBS的突变基因片段。文献中已经确定的并经实验证实致GBS突变基因有galE、neuB1、cst-Ⅱ和waaF,经排序后推测较有意义的突变基因有20个,有突变意义的基因50个,突变意义较小的突变基因有40个,无突变意义的有23个。而neuB1、cst-II等基因在lulei株、qiaoyuntao株、zhanxing株均无突变,原因可能是本地致GBS的菌株无neuB1、cst-II等的突变,考虑为本地菌株的特点,仍需要更多的本地菌株来验证;或者空肠弯曲菌致GBS可能不是单一基因致病,而是多个基因共同作用的结果。这种出现在本地菌株间的相同突变可能使所编码蛋白发生有意义的改变,影响到蛋白功能,成为本地菌株高致病性以及华北地区GBS高发的分子生物学基础。总之本研究中的叁株致AMAN型GBS的华北地区空弯菌株中的基因突变为建立研究本地菌株的地域性特点及对GBS菌株监测及疫苗的制备奠定了基础。

田新英[6]2004年在《吉兰-巴雷综合征相关空肠弯曲菌的蛋白质谱特征分析》文中指出吉兰-巴雷综合征(Guillain-Barré syndrome,GBS)是目前急性弛缓性瘫痪的最主要原因,临床上主要表现为对称性进行性弛缓性瘫痪, 伴有或不伴有呼吸肌麻痹、运动颅神经麻痹。随着近年来神经生理和病理学的研究进展,将GBS重新划分为急性炎症性脱髓鞘性多发神经病(acute inflammatory demyelinating polyneuropathy,AIDP)、急性运动轴索性神经病(acute motor axonal neuropathy,AMAN)、急性运动感觉性轴索性神经病(acute motor and sensory axonal neuropathy,AMSAN)、Miller Fisher 综合征(Miller Fisher syndrome, MFS)等几种亚型。约2/3的GBS患者发病前1~3周有前驱感染史,多为呼吸道感染或胃肠道感染。空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni,Cj)是引起急性肠炎最常见的一种肠道病原菌,近年来发现,Cj感染与部分GBS发病有密切关系。国内李春岩等成功地在GBS病人粪便中分离出多株Cj,并率先在国际上用Cj活菌感染或纯化的Cj脂多糖免疫动物,诱发出GBS的动物模型,明确了Cj感染是GBS的一个重要病因。我国人群以及家禽、家畜中Cj的感染率都很高,而只有某些特殊血清型Cj菌株的感染可引起GBS。与其它几种类型相比,AMAN病情重,致残率高,预后差,严重者可导致死亡。因此,确定致病菌型、进行致病菌型的分布调查并进行有效的人群干预以减少发病率显得尤为重要。虽然目前有学者倾向于认为Cj的脂多糖与人周围神经的神经节苷脂之间的分子模拟机制在GBS发病中起重要作用,但Cj感染导致GBS的确切发病机制尚不十分明确。许多学者在基因水平上对GBS相关Cj的分子特征及其特异性标志物进行了研究,但尚未得出一致的结论。由于与GBS相关的Cj的分子生物学特征目前不很清楚,使得致病菌株的基因水平鉴定、疫苗研制及人群干预等措施的实施都受到一定限制。近年来基因组研究发展迅猛,但面对大量的遗传信息,人们对其功能却不清楚,因此提出“功能基因组学”,即后基因组学这个概念。蛋白质作为基因的表达产物、基因功能的最终体现者,蛋白质组学(proteomics)已成为功能基因组学的主要研究内容之一。蛋白质双向电泳(two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis,2-DE)和质谱(mass spectrometry)是目前蛋白质组学研究的两大支柱技术。蛋白质组学已越来越多地应用于疾病相关的差异表达蛋白的研究。细菌在不同的条件下或由于不同株系间的差别, 其所表达的蛋白质组会发生变化。找到与正常细胞差异表达的蛋白质, 将有助于发现与疾病相关的蛋白质、基因以及与疾病相关的生物标记分子,有助于了解细菌的致病机制。2000年完成的Cj全基因序列、蛋白质双向电泳和质谱分析技术近年来的发展为我们从表型和基因水平高通量地分析GBS相关Cj的分子生物学特征提供了可能性。本实验从蛋白质组学的角度出发,分析了GBS相关Cj的特征性蛋白。由于2DE系统的稳定性和重复性的好坏关系到实验数据的可靠性、可比性及不同实验室间的数据的相互交流,2DE的可重复性一直为人们所关注。因此,本研究首先对双向电泳技术的稳定性和可靠性进行了评价,在此基础上,利用2-DE技术对GBS相关Cj和非GBS相关Cj的差异表达蛋白进行分析,应用质谱对这些蛋白质进行鉴定,寻找GBS相关Cj的特征性蛋白,并对差异蛋白的编码基因的序列特征进行分析。本研究将为在分子水平了解Cj致GBS的发病机制,并为进一步研究GBS相关Cj的分子生物学特征及对该病的防治等奠定基础。现将各部分内容概述如下:一、空肠弯曲菌双向电泳系统及其稳定性评价目的:为验证2DE系统的可重复性,本实验建立了空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni,Cj)的2DE系统,并对其稳定性和重复性进行了评价,为以后进行的实验结果的可靠性提供保障。方法:选取一株从GBS病人粪便中分离的Cj,在37℃微需氧环境中培养48小时,收获后制备全菌蛋白样品,Bradford法测定蛋白质浓度,采用固相pH 梯度胶条进行第一向等电聚焦、12.5%的SDS-PAGE进行第二向SDS-PAGE电泳、染色、图像扫描及分析。为比较不同上样量和不同批次对实验结果的影响,共进行两次实验,第一次采用上样量100ug和上样量200ug的两块胶同时进行。 第二次实验采用上样量100ug单独进行。结果:不同批次和不同上样量的胶进行比较,结果表明1. 蛋白质的匹配率均可达到90.89%;2. 未匹配蛋白主要是一些低丰度蛋白;3. 增加上样量可增加低丰度蛋白检出,但可产生蛋白质的共迁移,因此选择合适的上样量很重要;4. 不同批次蛋白质点在等电点方向的位置偏移为0.62±0.37mm,在SDS-PAGE方向的位置偏差为0.72±0.51mm,相对含量的相关系数为0.973。结论:本系统具有很好的稳定性及很高的可重复性,符合蛋白质组学的要求,实验结果具有可比性。二、吉兰-巴雷综合征相关空肠弯曲菌的蛋白质谱特征分析目的:虽然目前认为分子模拟机制在发病中起重要作用,但Cj感染导致GBS的发病机制尚不十分清楚。本研究利用2-DE和质谱两种技术对GBS相关Cj和非GBS相关Cj的蛋白质图谱进行分析,寻找GBS相关Cj的特征性蛋白,以在分子水平揭示Cj致GBS的发病机制、进一步了解GBS相关Cj的分子生物学特征。 方法:选取分离自

陈娟[7]2010年在《吉兰—巴雷综合征相关空肠弯曲菌waaF基因序列对比研究》文中提出目的:?测定3株吉兰-巴雷综合征(GBS)相关空肠弯曲菌(Campylobact- er jejuni, C.jejuni)的waaF基因序列,并与GeneBank中致腹泻C.jejuni NCTC11168的相应基因序列进行比较,了解致GBS C.jejuni菌株waaF基因序列核酸及氨基酸序列特征,探讨C.jejuni致GBS机制,并分析其遗传进化关系。方法:选取分离自河北医科大学第二医院神经内科GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株C.jejuni菌株进行培养,提取其基因组DNA测序。应用NCBI BLAST ,SequenceAlignment ,DNASTAR Editseq、MegAlign等生物信息学软件,将得到的3株C.jejuni菌株的全基因组序列以Genbank中NCTC11168序列为对照进行比对,找出waaF基因的突变碱基,并对推导的氨基酸序列进行比对,找出突变氨基酸;应用DNAstar Protean软件对其编码的蛋白质结构进行对比分析,了解其二级结构、疏水性、活性位点等变化,研究waaF基因与GBS的致病关系;应用MegAlign软件,对3株C.jejuni的waaF基因序列及推导的氨基酸序列做序列比对,计算序列间的遗传距离,探讨其地域特点。结果: 3株致GBS C.jejuni菌株的waaF基因均由960个碱基构成。与NCTC11168的waaF基因序列相比, zhanxing株共有18个碱基突变,导致5个氨基酸改变;qiaoyuntao株共有14个碱基突变,导致5个氨基酸改变;lulei株共有16个碱基突变,导致6个氨基酸改变。3株致GBS菌株相同碱基突变位点有5个:1081162C→T,1081273T→C,1081630A→T,1081384 T→C,1081462zhanxingT→A,lulei、qiaoyuntaoT→G,相同氨基酸改变为:185位D→E,该位点导致3株致GBS C.jejuni菌株α螺旋结构发生了改变。除此5个碱基外,zhanxing株与lulei株还有相同突变碱基3个:1080974A→G,1081226T→C,1081129A→G,相同氨基酸改变为:107位Y→H,该位点导致这2株致GBS C.jejuni菌株无规卷曲结构发生了改变;qiaoyuntao株与lulei株还有相同突变碱基2个:1081773C→T,1081808C→T,导致了共同氨基酸改变为:289位T→I。这些碱基及氨基酸突变可能与空肠弯曲菌致GBS能力的改变相关。遗传距离计算,zhanxing株与qiaoyuntao株为2.5%,zhanxing株与lulei株为2.0%,qiaoyuntao株与lulei株为1.7%;推导的氨基酸序列遗传距离为:zhanxing株与qiaoyuntao株为1.9%,zhanxing株与lulei株为2.6%,qiaoyuntao株与lulei株为2.2%。结论:与致腹泻菌株相比,GBS相关C.jejuni菌株中waaF基因序列存在1081462 zhanxing T→A,lulei、qiaoyuntaoT→G相同位点碱基突变及相应185位D→E氨基酸改变,并产生了二级结构变化,这些碱基及氨基酸突变可能与空肠弯曲菌致GBS能力的改变相关。zhanxing、qiaoyuntao、lulei 3株致GBS空肠弯曲菌waaF基因遗传距离较小,反映河北地区致GBS的空肠弯曲菌在进化上存在聚类现象,具有一定的区域特征。

束晓梅, 蔡方成, 张晓萍[8]2005年在《galE变异株及亲代株空肠弯曲菌诱导动物外周神经损伤的对比研究》文中研究说明目的探索空肠弯曲菌(Campylobactejejuni,CJ)致外周神经损伤的关键结构,为CJ感染相关格林巴利综合征的分子模拟理论提供动物实验证据。方法将32只豚鼠随机分为亲代株组(10只)、变异株组(10只)、对照组(6只)、PBS组(6只),分别用亲代株及弗氏佐剂、galE变异株及弗氏佐剂、PBS及弗氏佐剂、单纯PBS进行全身免疫;动态检测血清细胞壁脂寡糖(LOS)IgG及神经节苷脂GM1IgG抗体水平;检查坐骨神经病理改变,包括单纤维分离、半薄切片光镜及电镜检查。结果①免疫后变异株组及亲代株组LOSIgG抗体水平均明显增高,两组间差异无统计学意义;②免疫后14、28d,亲代株组GM1IgG抗体滴度(0.661±0.290,0.984±0.025)明显高于变异株组(0.193±0.078,0.180±0.063),差异均有统计学意义;③变异株组坐骨神经单纤维病变率4.9%(98/2000),明显低于亲代株组(16%,320/2000),差异有统计学意义,后者主要为轴索变性;④亲代株组半薄切片显示以轴索变性为特征的病理改变;变异株组仅见极少数异常,两组间差异有统计学意义;⑤电镜检查证实光镜所见。结论与亲代株相比,galE变异株缺失神经节苷脂GM1样表位,不能诱导动物产生GM1抗体及周围神经损伤,支持CJ感染后格林巴利综合征发生的分子模拟理论。

孙世超[9]2011年在《吉兰—巴雷综合征相关空肠弯曲菌cstⅡ基因序列对比研究》文中研究指明目的:空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni, C.jejuni)是一种微需氧的革兰氏阴性弯曲短杆菌,是世界范围内感染性腹泻常见的病原菌。急性、自限性肠炎是C.jejuni感染后的典型表现,某些类型C.jejuni菌株感染后还可引起自身免疫性疾病——吉兰-巴雷综合征(Guillain-Barrésyndrome, GBS)。C.jejuni被认为是GBS最重要的前驱感染病原。C.jejuni菌体表面的脂寡糖(lipooligosaccharide,LOS)结构与周围神经的神经节苷脂之间由于形态相似可发生分子模拟导致交叉免疫损伤是C.jejuni感染后发生GBS的主要机制。cstII基因编码alpha2,3/8-唾液酸转移酶,将唾液酸转运至LOS末端糖链从而产生唾液酸化的LOS,对产生多种形态的LOS至关重要。本研究通过序列比对获得3株GBS相关C.jejuni的cstII基因序列,并与GeneBank中GBS无关C.jejuni相应基因序列进行配对对比,寻找可能与GBS致病性相关的基因突变和蛋白高级结构变化,并观察这种变化是否在其他GBS相关菌株中同样存在,了解GBS相关C.jejuni的cstII序列特征,并分析其遗传进化关系。方法:选取分离自河北医科大学第二医院神经内科GBS患者粪便并经动物模型证实为致GBS的3株C.jejuni菌株:lulei株,qiaoyuntao株,zhanxing株进行培养,其血清型分别为penner O:19型,penner O:2型,penner O:5型。应用Wizard基因提取试剂盒提取C.jejuni基因组DNA。将菌株基因组DNA送至Analytical Genetics Technology Centre, University Health Network,Toronto Princess Margaret Hospital进行测序。从NCBI数据库获得3株GBS无关的C.jejuni的cst-II基因序列及5株GBS相关的C.jejuni的cst-II基因序列,用DNASTAR-MegAlign软件,以ClustalW命令对所得的C.jejuni株的cstII基因片段做核酸,氨基酸及氨基酸二级结构的多序列比对,寻找两种菌株间可能导致C.jejuni致病能力差异的碱基突变及其高级结构改变,分析其致GBS的可能机制,并构建遗传进化树。结果:3株致GBS的C.jejuni菌株cstII基因均由876个碱基构成。与GBS无关的cstII基因序列相比,qiaoyuntao株,lulei株,和zhanxing株分别有9,19和3个碱基突变,依次导致3,7,1个氨基酸突变。其中,lulei株与qiaoyuntao株共有9个相同的碱基突变:342位碱基A→T ,544-546位碱基CCC→AAT, 805位碱基G→A。导致了3个相同的氨基酸突变:114位氨基酸E→D, 182位氨基酸R→N,269位氨基酸V→I。在这叁个相同的氨基酸突变中,114位和182位氨基酸突变在其他GBS相关菌株中同样存在。zhanxing株cstII的氨基酸突变:169位氨基酸E→G位于182位氨基酸附近。叁株本地菌株cstII基因的氨基酸序列二级结构的第七个α螺旋长度均短于GBS无关菌株在该位置(165~180区段)的α螺旋,而其被打开的α螺旋均形成了折叠或转角,体现了共同的变化趋势.,而该变化在其他GBS相关菌株的二级结构变化中同样得到体现。75%的GBS相关菌株cstII基因51位氨基酸为天冬酰胺(Asn,N),表达双功能唾液酸转移酶。25%GBS相关菌株及所有GBS无关菌株cstII基因51位氨基酸为苏氨酸(Thr,T),表达单功能唾液酸转移酶。遗传距离计算,lulei株与qiaoyuntao株相似度98.4%,遗传距离1.6%,与其他菌株遗传距离0%~2.8%;zhanxing株与lulei株相似度97%,遗传距离3.0%,与其他菌株遗传距离0.3%~3.0%,qiaoyuntao株与zhanxing株相似度98.6%,遗传距离1.4%,与其他菌株遗传距离1.0%~1.6%。结论:叁株本地菌株cstII基因的氨基酸二级结构的165~180区段体现了共同的变化趋势.,而该变化在其他GBS相关菌株的二级结构变化中同样存在。这种GBS相关菌株在氨基酸二级结构上的共同变化趋势提示该区段可能为使菌株具有致GBS能力的责任区段。该区段高级结构的改变很可能影响了唾液酸转移酶的功能活性从而改变神经节苷脂表位的形态,使得C.jejuni菌株获得GBS致病性。本研究中涉及的大部分GBS相关菌株的cstII基因均表达双功能唾液酸转移酶,而GBS无关菌株的cstII基因均表达单功能唾液酸转移酶,提示双功能唾液酸转移酶可能与C.jejuni的GBS致病性相关。

阚蕊慈, 张斌, 任玉鹏, 岳华[10]2019年在《基于PEDV ORF3基因的强弱毒株鉴别方法的建立及初步应用》文中指出为了建立一种快速鉴别PEDV强毒株和弱毒株的RT-PCR方法,针对PEDV ORF3基因设计一对引物,优化其反应体系和退火温度,并测试其特异性和敏感性。结果显示,在退火温度55.2℃,上、下游引物各0.5μL时PCR扩增效果最理想。特异性试验结果显示本方法对9种常见猪病病原的核酸模板均不产生扩增条带;敏感性试验显示该方法的检测下限为T-ORF3_(IS) 272拷贝/μL和T-ORF3_(VC) 14.4拷贝/μL。将本试验建立的RT-PCR法与已建立的双重RT-PCR方法进行比较,结果显示两种方法符合率为99.2%,且本法的实际检出率更高。对120份临床样本检测结果显示,PEDV强弱毒株的阳性率分别为87.18%和84.21%,其中9份样本中同时检出2种PEDV毒株,但并未对检测方法的准确性造成影响。建立了一种基于ORF3基因的RT-PCR检测法,该方法特异性强、灵敏度高,可准确区分PEDV野毒株和弱毒株。

参考文献:

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[10]. 基于PEDV ORF3基因的强弱毒株鉴别方法的建立及初步应用[J]. 阚蕊慈, 张斌, 任玉鹏, 岳华. 动物医学进展. 2019

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空肠弯曲菌galE基因变异株的临床意义研究
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