工业酶研究中的计算化学方法

工业酶研究中的计算化学方法

论文摘要

文中介绍用于工业酶研究特别是用于指导酶工程的主要计算化学方法,包括分子力学力场和分子动力学模拟、量子力学以及量子力学/分子力学结合模型、连续介质静电模型以及分子对接等。文中从以下两个角度分别概要地介绍这些方法:一是方法本身的基本概念、原始计算结果、适用条件和优缺点等;二是通过计算得到有价值的信息,指导突变体和突变库设计。

论文目录

  • 1 基于经典分子力学力场(MM)的分子动力学模拟(MD)
  •   1.1 方法简介
  •   1.2 在酶研究中的应用
  • 2 量子力学(QM)以及量子力学/分子力学(QM/MM)结合模型
  •   2.1 方法简介
  •   2.2 方法应用
  • 3 静电连续介质模型
  •   3.1 方法原理
  •   3.2 方法应用
  • 4 其他方法
  •   4.1 分子对接
  •   4.2 基于几何结构预测小分子孔道
  •   4.3 活性中心比较方法
  • 5 总结
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 刘海燕

    关键词: 分子力学,分子动力学,量子力学,连续介质模型,酶工程

    来源: 生物工程学报 2019年10期

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 中国科学技术大学生命科学学院

    基金: 国家自然科学基金(No.21773220)资助~~

    分类号: Q814

    DOI: 10.13345/j.cjb.190293

    页码: 1819-1828

    总页数: 10

    文件大小: 1287K

    下载量: 198

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