动植物高质量基因组的获取及其主要应用

动植物高质量基因组的获取及其主要应用

论文摘要

自国际千人基因组计划实施以来,伴随着测序技术的发展和成本的下降,几乎所有重要的动植物都拥有了参考基因组以及全基因组重测序数据。针对二代和三代测序技术产生的海量数据,准确和高效的组装是获得高质量基因组的关键。对于重复序列较多、杂合性较高的复杂基因组的组装尤其具有挑战性,基因组从头组装算法不断被更新,联合组装策略正在发挥强大优势。高质量的基因组不仅能提高精细定位效率,还能提高全基因组关联分析的准确性和精度,为动植物复杂性状的遗传机制解析奠定基础。同时,高质量的基因组对于比较基因组以及泛基因组的研究都具有重要的推动作用。

论文目录

  • 1 基因组的从头组装 (de novo) 算法
  • 2 高质量参考基因组在寻找功能基因和重要变异位点中的重要作用
  •   2.1 高质量参考基因组提高传统基因克隆手段——精细定位的效率
  •   2.2 高质量参考基因组对GWAS (genome-wide association study) 结果的影响
  •   2.3 基于高参考质量基因组鉴定影响复杂性状的基因组结构变异
  •     2.3.1 利用二代双端reads鉴定基因组结构变异
  •     2.3.2 利用测序reads比对参考基因组鉴定结构变异断点
  •     2.3.3 利用测序reads覆盖基因组深度的差异鉴定结构变异
  • 3 基因组组装质量在比较基因组学研究中所起的作用
  • 4 基于高质量参考基因组获得涵盖物种内更多变异信息的泛基因组
  • 5 基于高质量基因组解析生物复杂性状的遗传机制 (case study)
  • 6 前景展望
  • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 霍冬敖,王跃斌,陈庆富

    关键词: 高质量基因组,组装,变异分析,复杂性状

    来源: 生命科学 2019年07期

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 贵州师范大学荞麦产业技术研究中心,华中农业大学植物科学技术学院

    基金: 国家自然科学基金项目(31471562,31860408,U1812401),黔科合LH字[2017]7356,国家燕麦荞麦现代农业产业技术体系专项资金(CARS-07-A-5),贵州省高层次创新型人才培养对象十百千计划[2015] 4020,贵州省科技支撑计划([2017] 2505,[2018] 2320)

    分类号: Q78

    DOI: 10.13376/j.cbls/2019090

    页码: 739-747

    总页数: 9

    文件大小: 1542K

    下载量: 215

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