染色质交互分析工具的设计与实现

论文摘要

基因组在细胞核内的三维结构通过协同作用,对DNA复制、修复、基因转录和其他生物学功能具有重要意义。双末端标签测序的染色质交互分析（Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag,ChIA-PET）是一种全基因组高通量技术,可以检测与我们感兴趣的某个特定蛋白相关的染色质交互,使在全基因组水平识别与长程染色质交互相关的转录结合位点成为可能。在2010年ChIA-PET Tool被开发用来分析处理从ChIA-PET实验中得到的二代测序数据。为了提高数据分析的效率,更加方便的使用工具,本文对ChIA-PET Tool工具包做了改进和优化,开发了ChIA-PET Tool V3。文中详细说明了如何安装ChIAPET Tool V3并用它来分析公共的ChIA-PET数据集。目前,也有很多其他的ChIA-PET数据分析工具,本文在相同的机器环境下用不同的工具去分析处理相同的公共数据集,并将结果做了系统的比较。在ChIA-PET Tool V3得到的峰中大多数是与其他工具有重叠的,并且ChIA-PET Tool V3能够检测到大量的染色质交互,在APA（Aggregate Peak Analysis）图中染色质交互的富集程度也比较好。近期美国杰克逊基因组医学实验室团队开发了ChIA-Drop技术,该技术将微流控技术应用于染色质交互分析,同时使用基于液滴与编码标记的高通量测序,可以在单分子水平上捕获多重染色质交互。为了方便分析处理ChIA-Drop数据,本文开发了ChIA-Drop Tool用于分析处理ChIA-Drop数据并产生用于可视化的.hic文件。本文用ChIA-Drop Tool处理了ChIA-Drop RNAP II（RNA polymerase II）数据的两个重复rep1和rep2,将得到的BEDPE文件用ChIA-PET Tool V3处理获取染色质交互。之后将rep1和rep2合并处理得到染色质交互,然后与ChIA-PET RNAP II数据作比较,得到的交互的重叠部分比预期要小。

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文章来源

类型: 硕士论文

作者: 孙童凯

导师: 李国亮

关键词: 全基因组,染色质交互,数据分析工具

来源: 华中农业大学

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 华中农业大学

分类号: Q811.4

DOI: 10.27158/d.cnki.ghznu.2019.000512

总页数: 76

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标签：全基因组论文;  染色质交互论文;  数据分析工具论文;