百脉根TALE转录因子家族的鉴定与生物信息学分析

论文摘要

三胺酸环延伸(TALE)蛋白是一类在植物生长发育过程中调控分生组织分化的转录因子。本研究通过生物信息学手段从豆科模式植物百脉根(Lotus japonicus(Regel)K.Larsen)全基因组中筛选出分布于6条染色体上的40条TALE家族基因,并对其保守结构域、基因结构、系统进化、在染色体上的分布、理化性质以及部分典型基因的组织表达差异等进行分析。根据结构域不同可将百脉根TALE家族分为BELL和KNOX两个亚族;百脉根TALE家族在进化上较为保守,分化上与大豆存在较大差异;该家族基因有外显子4～6个,氨基酸序列长度在271～792之间,家族成员蛋白均为弱酸性蛋白。Realtime PCR分析表明该家族基因表达与motif元件数之间存在相关性;BELL亚族主要在顶芽表达,KNOX亚族则主要在根组织中表达。研究结果为进一步克隆百脉根TALE基因和分析其功能奠定基础。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 丘日光,张天缘,杨仕梅,宋莉,赵德刚

关键词: 百脉根,转录因子家族,生物信息学,系统进化,基因表达

来源: 植物遗传资源学报 2019年02期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农作物

单位: 贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室/贵州省农业生物工程重点实验室,贵州省农业科学院

基金: 国家转基因生物新品种培育科技重大专项(2016ZX08010003),国家自然科学基金项目(31660685),贵州省科技计划项目(黔科合基础[2017]1119)~~

分类号: Q943.2;S541.6

DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.20180816002

页码: 466-475

总页数: 10

文件大小: 1205K

下载量: 343

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