论文摘要
南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地。利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列。利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1～6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个。不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34%,其次是二碱基,约占总数的28.09%,再是三碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%。单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,三碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT。AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别。挑选部分三、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物。本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础。
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文章来源
类型: 期刊论文
作者: 宋琪,郭宪光,陈达丽
关键词: 南疆沙蜥,基因组,微卫星,分布,引物序列
来源: 四川动物 2019年05期
年度: 2019
分类: 基础科学
专业: 生物学
单位: 中国科学院成都生物研究所,中国科学院大学,四川大学华西基础医学与法医学院
基金: 国家自然科学基金项目(31672270,31872959),科技部重点研发计划项目(2017YFC0505202)
分类号: Q953
页码: 512-520
总页数: 9
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- [1].温度对南疆沙蜥和密点麻蜥消化酶活性的影响[J]. 四川动物 2019(02)