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黑龙江省BVDV分离鉴定及遗传进化分析

2020-12-10阅读(926)

黑龙江省BVDV分离鉴定及遗传进化分析

论文摘要

BVDV是一种全球分布的病毒,由于其致病机制复杂,且缺乏有效的防控技术,因此BVDV在世界范围内广泛流行。从临床症状上可分为四大类:呼吸道型、腹泻-黏膜病型、隐性感染型和急性死亡型。近年来,BVDV在黑龙江省检出率逐渐升高,对养殖行业带来了严重影响。因此,了解BVDV在黑龙江省的流行病学资料,可以为今后的防控提供基础数据。1.RT-PCR方法调查BVDV中国区域流行性及Meta分析应用Meta分析对我国2009年2019年发表的文献进行筛选,最终对22篇符合要求的文献进行分析。我们获得了6个地区5104头牛的数据,阳性数为1182头,阳性率为23%。分析结果显示,华北地区和东北地区感染率比其他地区高。内蒙古自治区、安徽省、山东省、江苏省、新疆地区、浙江省、黑龙江省和辽宁省均有感染BVDV的情况,虽然使用ELISA方法调查更为方便,但也有局限性,使用RT-PCR方法,可以检测出BVDV的真实感染率。2.黑龙江省BRDC来源的BVDV分离鉴定及E2基因分析对黑龙江省某规模化牛场采集到的育成牛肺脏组织样本进行病毒分离鉴定,确定了样本的基因型为BVDV-1d,5’UTR的同源性比对显示,与中国北京株BJ1023（Genbank:KF925509）同源性最高。E2的同源性比对显示,与中国北京株BJ1308（Genbank:KT951841）同源性最高。对样本进行E2序列分析和理化性质分析可知,E2核苷酸水平上有58.9%的可变性位点（763/1296）,保守区有两段:核苷酸位置394541以及9191234。发现有6个潜在糖基化位点（31NMSN、96NLTE、176NKTQ、260NGTV、330NFSR、369NLTS）,有两个潜在的跨膜信号区域:3050和410420。蛋白不稳定性为33.62,可以将该蛋白质分类为稳定的蛋白质。E2蛋白的抗原表位与瑞士毒株SuwaCp（Genbank:KC853441）的抗原表位优势部分走势基本一致。3.黑龙江省BVDV分子流行病学调查对黑龙江省20152018年采集到的50份BVDV阳性病料进行病毒的分离鉴定,分离株分为5个亚型,分别是BVDV-1b（50%,n=25）;BVDV-1c（16%,n=8）;BVDV-1d（12%,n=6）;BVDV-1m（4%,n=2）和BVDV-1o（18%,n=9）,通过同源性比较和进化树分析,发现与同基因亚型参考序列属一个亚组,对可能与BVDV流行性相关的四种因素进行了相关性分析,通过对BVDV生物型与临床症状相关性分析可知二者呈偏态分布,二者之间有较为明显的相关性,说明生物型可能会造成不同临床症状;基因型与临床症状相关性分析表示,二者之间有很明显的相关性,说明基因型与临床症状相关;基因型与牛品种相关性分析显示,二者较为明显的相关性,不同品种的牛与出现的基因型相关。本次研究成果为BVDV的预防和控制提供了理论依据。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1 文献综述
  •   1.1 BVDV研究背景
  •   1.2 BVDV生物学特性
  •     1.2.1 病原特性
  •     1.2.2 基因结构
  •     1.2.3 基因分型
  •   1.3 BVDV基因组遗传变化的机制
  •   1.4 BVDV流行病学特征
  •   1.5 国外流行情况
  •   1.6 国内流行情况
  •   1.7 BVDV检测方法研究进展
  •     1.7.1 病毒分离鉴定
  •     1.7.2 电镜观察
  •     1.7.3 ELISA诊断方法
  •     1.7.4 血清中和试验
  •     1.7.5 .RT-PCR检测方法
  •     1.7.6 荧光定量PCR检测方法
  •   1.8 研究目的与意义
  • 2 RT-PCR方法调查BVDV中国区域流行性及Meta分析
  •   2.1 研究对象
  •   2.2 资料与方法
  •     2.2.1 检索文库方法
  •     2.2.2 纳入和排除标准
  •     2.2.3 数据提取
  •     2.2.4 数据分析
  •     2.2.5 森林图
  •     2.2.6 偏倚分析
  •   2.3 结果
  •     2.3.1 文献搜索结果
  •     2.3.2 文献Meta分析
  •     2.3.3 RT-PCR检测的我国各省份感染情况
  •     2.3.4 偏倚性分析
  •     2.3.5 Meta分析森林图
  •   2.4 讨论
  • 3 黑龙江省BRDC来源的BVDV分离鉴定及E2 基因分析
  •   3.1 材料与仪器
  •     3.1.1 样本采集
  •     3.1.2 细胞
  •     3.1.3 主要试剂
  •     3.1.4 主要耗材
  •     3.1.5 主要仪器
  •     3.1.6 引物
  •     3.1.7 5'UTR和 E2 参考毒株信息
  •   3.2 实验方法
  •     3.2.1 病毒分离
  •     3.2.2 病毒鉴定
  •   3.3 结果
  •     3.3.1 病毒分离鉴定结果
  • 2分离鉴定'>    3.3.2 E2分离鉴定
  •   3.4 讨论
  • 4 黑龙江省BVDV分子流行病学调查
  •   4.1 材料与仪器
  •     4.1.1 样本
  •     4.1.2 主要试剂及耗材
  •     4.1.3 主要器材
  •     4.1.4 引物
  •     4.1.5 BVDV5’UTR参考毒株
  •   4.2 实验方法
  •     4.2.1 病毒分离
  •     4.2.2 BVDV5’UTR病毒鉴定
  •     4.2.3 BVDV5’UTR基因序列分析
  •     4.2.4 BVDV生物型与临床症状相关性分析
  •     4.2.5 BVDV基因型与临床症状相关性分析
  •     4.2.6 BVDV基因型与牛品种相关性分析
  •     4.2.7 BVDV基因型在黑龙江省地域分布调查
  •   4.3 实验结果
  •     4.3.1 5'UTR PCR扩增结果
  •     4.3.2 测序的分析结果
  •     4.3.3 BVDV5’UTR基因序列分析结果
  •     4.3.4 BVDV生物型与临床症状相关性分析结果
  •     4.3.5 BVDV基因型与临床症状相关性分析结果
  •     4.3.6 BVDV基因型与牛品种相关性分析结果
  •     4.2.7 BVDV基因型在黑龙江省的地域分布调查结果
  •   4.4 讨论
  • 5 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 个人简历

    • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 王梦心

    导师: 周玉龙,谭海东

    关键词: 基因型,分析,分离鉴定,序列分析

    来源: 黑龙江八一农垦大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学,农业科技

    专业: 生物学,畜牧与动物医学

    单位: 黑龙江八一农垦大学

    分类号: S852.65

    总页数: 85

    文件大小: 3751K

    下载量: 172

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